個人所得稅由公司在員工工資發放時直接扣除。職工可以享受個人所得稅專項附加扣除，通過減少稅額來減少應納稅額。比如員工工資6000元，有專項附加扣除。在計算個人所得稅時，可以先從工資中扣除這些專項扣除，再根據扣除的金額計算應納稅額。
個人所得稅的計算方法:
1.確定應納稅所得額:工資扣除五險壹金等法定扣除項目後的余額；
2.適用稅率:根據累計預扣法確定適用稅率和速算扣除；
3.計算應納稅額:應納稅所得額乘以適用稅率，再減去速算扣除數；
4.確定要預扣的稅額:要從已預扣的稅額中扣除的稅額。
綜上所述，個人所得稅由公司在發放員工工資時直接扣除，並允許員工使用專項附加扣除減少稅額，從而有效減少應納稅額。比如員工月收入6000元，可以在計稅前扣除專項附加扣除。
法律依據:
中華人民共和國個人所得稅法
第六條
1.工資、薪金所得，以月收入減除費用3500元後的余額為應納稅所得額。
二、個體工商戶的生產、經營所得，以每個納稅年度的收入總額扣除成本、費用和損失後的余額，為應納稅所得額。
三、企業事業單位的承包經營和租賃經營所得，以每壹納稅年度的收入總額，減除必要的費用後的余額，為應納稅所得額。
四、勞務報酬所得、特許權使用費所得、財產租賃所得，每項所得不超過4000元的，減除800元；超過4000元的，扣除20%的費用，余額為應納稅所得額。
五、財產轉讓所得，以財產轉讓所得減除財產原值和合理費用後的余額為應納稅所得額。
六、利息、股息、紅利所得、偶然所得和其他所得，為每項應納稅所得額。
個人對教育和其他公益事業的捐贈部分，按照國務院的有關規定從應納稅所得額中扣除。
對在中國境內無住所但取得工資、薪金所得的納稅人，以及在中國境內有住所但取得中國境外工資、薪金所得的納稅人，可根據其平均收入水平、生活水平和匯率變動情況確定附加扣除。附加扣除的適用範圍和標準由國務院規定。