根據《勞動法》的規定，合並後，由於工資、崗位、福利等方面的變化，合並後的公司員工有選擇留下或自由留下的權利。如果員工選擇離職，公司需要對員工進行相應的補償。通常有以下幾種方式補償員工:1，現金支付。現金支付是要求企業以現金形式支付員工，作為解除長期勞動合同的經濟補償。對於現金流充裕的企業來說，這種方式是可以接受的，而且是壹次性解決，重組後不會給企業留下後遺癥，但這種方式會極大地占用企業的資金流，降低企業的抗風險能力，使企業容易陷入危機。2、股權支付的形式股權支付的形式是將企業的凈資產以經濟補償的形式直接落實到每個員工身上。企業改制後，職工將形成改制企業的股權。雖然這種方式在相關文件政策中是允許的，但是在操作上有兩個明顯的障礙。首先，由於公司法對股東人數的限制，員工持股數量有限，設立員工持股會等持股載體很難得到有關部門的批準，因此員工持股的身份和方式是首先要解決的問題；其次，員工集體持股的模式在大部分地方已經不可行，地方政府更希望原企業管理層絕對控制改制企業，不支持全體員工共同持股。所以從以上兩點來看，以股權的形式支付員工經濟補償並不是壹個好辦法。3.債權的支付形式如果改制企業的支付能力比較差，為了減輕支付改制成本給企業生產經營帶來的壓力，可以將職工的經濟補償轉為改制企業的負債，減少相應的企業凈資產。企業改制後，職工持有改制企業的債權，按照相應的規定和條件得到清償。為避免改制後違反會計法和稅法的風險，改制企業必須獲得上級主管部門和政府的批準，以債權形式支付職工經濟補償。
法律客觀性:
《中華人民共和國勞動合同法》第三十四條:用人單位合並或者分立的，原勞動合同繼續有效，承繼其權利和義務的用人單位應當繼續履行。《中華人民共和國公司法》第172條規定，公司可以采取吸收合並或者新設合並。壹個公司吸收其他公司進行合並，被吸收的公司解散。兩個以上公司合並設立新公司為新合並，合並各方解散。