壹是發行主體不同:公司債目前只能由上市的股份公司發行。
二是募集資金用途不同:企業債券募集資金壹般用於基礎設施建設、固定資產投資、重大技術改造、公益投資等；公司債券可以根據公司自身具體業務需要發行。
第三，監管機構不同:公司債券的發行實行核準制，中國證監會對發行公司的材料是否符合法定制度進行審查。企業債券的發行由國家發改委核準。
第四，信息披露要求存在差異:公司債券的發行人沒有嚴格的信息披露義務；公司債發行人有嚴格的信息披露。
從分析的角度來看，公司債和企業債主要有五個區別:
第壹，發行人的區別。公司債券是股份有限公司或有限責任公司發行的債券，在2005年的《公司法》和《證券法》中也有明確規定。因此，非公司制企業不得發行公司債券。公司債是中央政府部門所屬機構、國有獨資企業或國有控股企業發行的債券，其對發行人的限制比公司債要窄得多。
第二，債券發行資金用途的差異。公司債券是公司根據企業經營的具體需要而發行的債券。其主要用途包括固定資產投資、技術升級、改善企業資金來源結構、調整企業資產結構、降低企業財務成本、支持企業並購和資產重組等。因此，只要不違反相關規定，債券發行資金如何使用幾乎完全是發行公司的事，不需要政府部門的關註和批準。
第三，信用基礎的差異。在市場經濟中，發行公司的資產質量、經營狀況、盈利能力和可持續發展能力是公司債券的信用基礎。由於每個公司的具體情況不盡相同，企業債券的信用等級也有很大差異，相應的，每個公司的債券價格和發債成本也明顯不同。
第四，控制程序的差異。在市場經濟中，公司債券的發行通常是註冊的，即只要發行公司的註冊材料符合法律和其他規定，監管部門就無權限制其債券發行。在此背景下，債券市場監管當局的主要工作集中在發債註冊材料的合法性、嚴格債券信用評級、對債券發行人信息披露和債券市場活動的監管等方面。
第五，市場功能的差異。在中國，由於公司債券實際上是政府債券，其發行受到行政機制的嚴格控制。明年的發行額不僅遠低於國債、央行票據和金融債，也將明顯低於股票融資。正因如此，它在很多企業融資或者在金融市場和金融體系中的作用將是微不足道的。