(二)負責生活、生產經營和生態環境用水的統籌規劃和保護。對水資源實施統壹監督管理；擬定全省水資源長期供求規劃和水量分配計劃並監督實施；組織水資源調查和評價；按規定開展水資源調查；負責全省江河、區域和重大調水工程的水資源調度；組織實施取水許可、水資源有償使用制度、水資源論證和防洪論證制度；指導水利行業供水和鄉鎮供水。
(三)負責水資源保護。組織編制水資源保護規劃；組織編制重要江河、湖泊和水庫的水功能區劃並監督實施；批準的水汙染容量；提出限制汙染物排放總量的建議；指導飲用水水源保護工作；指導城市規劃區地下水的開發利用和地下水資源的管理與保護。
(四)負責水旱災害的防治，承擔吉林省人民政府防汛抗旱指揮部的具體工作。組織、協調、監督和指導全省防汛抗旱工作；實施全省江河、湖泊、水庫和水工程的防汛抗旱調度和應急水量調度；編制全省防汛抗旱應急預案並組織實施；指導水利突發事件應急管理工作。
(五)負責全省節約用水和計劃用水。制定節約用水政策；編制節約用水計劃，制定相關標準；指導和推進節水型社會建設。
(六)指導全省水文工作。負責水文水資源監測，水文站網建設和管理；監測河流、湖泊和水庫以及地下水的數量和質量；發布全省水文水資源信息、情報預報和全省水資源公報。
(七)指導全省水利設施、水域和岸線的管理和保護工作；指導全省河流、湖泊、水庫、灘塗的管理和開發；指導全省水利工程建設和運行管理；組織實施省內控制性或跨市(州)的水利工程建設和運行管理。
(八)指導和監督水利內部審計工作；負責對全省水利投資的使用和管理進行審計和審計調查；負責國家和省投資及全省水利建設項目投資的全過程檢查；查處水利建設違法行為。
(九)負責水土流失防治工作。擬定全省水土保持規劃並監督實施；組織實施水土流失綜合防治、監測和預報，並定期發布公告；負責重大建設項目水土保持方案的審批、監督實施和水土保持設施的驗收；指導實施全省水土保持重點建設項目。
(十)指導全省農村水利工作。組織協調全省農田水利基本建設；指導農村飲水安全、節水灌溉等工程的建設和管理；指導牧區水利規劃；指導農村水利社會化服務體系建設；按照規定指導水電資源開發；引導水電農村電氣化和小水電代燃料。
(十壹)負責全省重大涉水違法事件的調查處理。協調仲裁省內市(州)間水事糾紛；指導水行政監督和水行政執法工作；依法負責全省水利行業和漁業安全生產；組織和指導水庫、水電站大壩的安全監察工作；指導水利建築市場的監督管理；組織實施全省水利工程建設監管。
(十二)負責全省水利科技和外事工作。組織全省水利行業質量監督；擬訂水利行業技術標準和規範並監督實施；承擔水利統計工作；處理與國際河流有關的外交事務。
(十三)指導全省漁業工作；組織和指導全省漁業基礎設施建設和管理；負責漁業水域生態環境和水生野生動物的保護；負責水產品的認證和監督管理；指導水產品加工和流通；指導漁政執法、監督和漁政隊伍建設；代表國家，行使漁船檢驗、漁政和漁港監督管理權；代表國家處理涉外漁業事務，維護國家漁業權益；協調重大漁業糾紛。
(十四)承辦省政府交辦的其他工作。