跨境電商財務核算的步驟可以概括為三步:整理稅收收入種類:根據企業的經營範圍分析稅收收入來源，完善稅收收入種類；建立分錄結構:根據《企業會計制度》規定的會計科目關系，建立完整的會計分錄體系；做好憑證錄入工作:根據財務記錄和報表，編制憑證並錄入企業財務賬簿。
跨境電子商務財務核算要考慮壹系列困難，如外匯支付結算、跨境進口稅收管理等。此外，跨境電商財務會計要求企業嚴格按照國家法律法規，在財務系統中記錄和管理真實賬目，以規範財務管理，保證企業財務正常運行。
跨境電子商務的全球特征；
網絡是壹種無邊界的媒介，它是全球性的、去中心化的。因此，依賴於網絡的跨境電子商務是全球性和分散的。與傳統交易模式相比，電子商務的壹個重要特點是它是壹種無邊界的交易，失去了傳統交易的地域因素。互聯網用戶可以向市場提交產品，尤其是高附加值的產品和服務，而無需考慮跨越國界。
網絡全球特性的積極影響是最大程度的信息共享，而消極影響是用戶必須面對因文化、政治和法律差異而產生的風險。只要任何人有壹定的技術手段，在任何時間、任何地點，信息都可以進入網絡，相互連接進行交易。
美國財政部在其財務報告中指出，很難對基於全球網絡的電子商務活動征稅，因為:電子商務基於虛擬的計算機空間，失去了傳統交易模式下的地理因素；在電子商務中，制造商傾向於隱藏其住所，而消費者對制造商的住所漠不關心。
例如，壹個小型的愛爾蘭在線公司可以通過互聯網銷售其產品和服務，通過壹個網頁，全世界的消費者都可以點擊和觀看，只要消費者可以訪問互聯網。很難確定這筆交易發生在哪個國家。