基於南水北調第壹個啟動工程——濟平幹渠工程，劉長瑜同誌主持項目“南水北調東線濟平幹渠工程關鍵技術研究與應用”，首次提出長距離渠系設計和土方挖填系統平衡的新設計方法；開發了以大體積混凝土薄板為主的新型“四防”結構、復合材料保溫的渠床聯合排水與排水、渠道襯砌抗裂抗凍耐久高性能混凝土新技術，以及樹幹根系網與坦薩植被網、土工格柵、椰纖維網相結合的生態修復技術。建立了基於“等容”控制的調度自動化系統和航道高邊坡穩定性分析與加固技術，填補了多項技術空白，獲得2007年山東省科技進步壹等獎和2008年國家科技進步二等獎。
劉長瑜同誌積極組織和參與了“大通道機械化襯砌設備及施工技術”課題的研究，填補了我國大通道機械化襯砌技術、設備和工藝的空白，不僅結束了我國引進機械化襯砌設備的歷史，而且打破了歐美設備壟斷國際市場的局面。“大型渠道機械化襯砌技術與裝備”項目獲2006年山東省壹等獎，2007年國家科技進步二等獎。在此基礎上，制定了我國第壹個南水北調工程專項技術標準《渠道混凝土襯砌機械化施工技術規範》。
20世紀初山東省水資源可持續利用規劃(21)是省政府針對山東省水資源短缺，進入新世紀後如何開發利用山東省水資源而確定的重大水利戰略發展規劃。劉長瑜同誌作為規劃工作組副組長和技術負責人，緊密結合山東實際，運用先進的理念和科學的方法，對21世紀初山東省水資源的開發利用進行了全面規劃。該規劃著眼於山東省水資源的可持續利用和經濟社會的可持續發展，科學分析了21世紀初水資源與經濟社會發展的關系，並對不同的規劃水平和年份進行了預測。根據水資源可持續利用的要求和經濟社會可持續發展的要求，從水資源開發、利用、管理、配置、節約和保護六個方面進行了全面系統的規劃，提出了解決山東省水資源短缺的基本思路、目標、任務和要求，確定了進入21世紀後實現山東省社會經濟可持續發展的工程措施、非工程措施和保障措施，十分重要。其成果已成為山東省制定新世紀水利發展戰略規劃的主要依據。《20世紀初山東省水資源可持續利用總體規劃》(21)獲2003年山東省優秀工程勘察設計壹等獎。
自20世紀60年代以來，山東省修建了大量灌溉工程。據統計，到1998，全國設計灌溉面積30萬畝以上的大型灌區近60個，設計灌溉面積4877.53萬畝，其中引黃灌區30多個，水庫(含湖泊)灌區20個，河流灌區9個。但由於建設期間資金嚴重不足，這些灌區只能從零開始簡化。經過長期運行，嚴重老化失修，造成“先天不足，後天失調，渾身有病，難以為繼”。急需進行續建節水改造，“山東省大型灌區續建節水改造工程”項目由此誕生。劉長瑜是這個項目的技術負責人。1998以來，負責全省大中型灌區的總體規劃和部分灌區的可行性研究、初步設計等前期工作，研究解決了大型灌區的多項技術難題。《山東省大型灌區配套建設與節水改造工程規劃》獲2002年山東省優秀勘察設計壹等獎。
針對各種工程的施工設備和操作中許多尚未解決的技術問題，結合施工設備和現場的實際情況，劉長瑜進行了反復研究和試驗，發明和改進了壹批施工設備，獲得國家專利4項(1項發明專利和3項實用新型專利)。