抗日戰爭時期,長江中下遊地區被日軍占領。據川江傳,民生輪船公司挽救了大部分船只,成為後方水運主力。在支援抗日戰爭、維護戰時交通等方面發揮了重要作用。抗戰勝利後,民生輪船公司利用戰時外匯積累和國外貸款,購買了大量新式客貨船。除恢復長江航線外,又相繼開辟沿海航線和南北洋航線,並與金城銀行合資經營遠洋運輸,航線延伸至越南、泰國、菲律賓、日本。從業人員達到8000多人,船舶增加到146艘,63000多噸。
民生輪船公司在發展過程中與四川軍閥、國民黨政府和外國壟斷資本有過接觸。但最終還是不可避免地受到官僚資本的擠壓,被外國航空公司排擠。當時受到社會經濟破產和惡性通貨膨脹的打擊,陷入嚴重危機。20世紀40年代末,公司業務不景氣,客貨運輸量銳減,公司自身機構臃腫,開支眾多,以至於負債累累,不得不出售部分投資股權維持運營。
新中國成立後,政府對民生海運公司給予大力支持,貸出巨款,組織川糧東運(見聯運),解決了民生海運公司缺貨的困難。1952 9月1,公司實行公私合營,正式更名為公私合營民生海運公司,運輸生產繼續發展。從65438到0956,經過充分協商,實行經濟體制改革,定股定息,將民生海運公司並入長江航務管理局。