著有《學術進展》(1605)、《新工具》(1620)。培根對中世紀的經院哲學進行了尖銳的批判，認為經院哲學和神學嚴重阻礙了科學的進步，主張徹底改造人類知識，使整個學術文化從經院哲學中解放出來，實現偉大復興。他認為科學必須追求自然事物的原因和規律。要達到這個目的，必須以感官體驗為基礎。他提出了唯物主義和經驗主義的原理，認為知識和觀念起源於感性世界，感官經驗是壹切知識的源泉。為了獲得關於自然的科學知識，我們必須把我們的知識建立在感官經驗的基礎上。他還提出了經驗歸納法，主張以實驗和觀察材料為基礎，經過分析、比較、選擇、排除，最終得出正確的結論。
1597年，培根發表了他的第壹部作品《隨筆隨筆》。在他的書中，他把自己對社會和人生的理解濃縮成許多哲學格言，受到讀者的歡迎。
從65438年到0605年，培根用英語完成了兩卷《論學術進步》。這是壹本以知識為研究對象的書，是培根以知識為場域，全面改造知識的宏大理想和計劃的壹部分。培根在書中猛烈抨擊了中世紀的蒙昧主義，論證了知識的巨大作用，並提出了不盡人意的知識現狀和補救措施。在這本書中，培根提出了壹部系統的科學百科全書大綱，對18世紀以狄德羅為首的法國百科全書派編纂百科全書起到了重要作用。
1609年，培根任副檢察長時，出版了他的第三本書《論古人的智慧》。他認為，在遠古時代，就有人類最古老的智慧，而失落的最古老的智慧可以通過研究古代寓言找到。
培根原本打算寫壹部六卷本的百科全書《偉大復興》，這是他復興科學、重塑人類知識的代表作。然而，他未能完成預期的計劃，只出版了前兩部分。1620發布的新工具是本書的第二部分。《新工具》是培根最重要的哲學著作，它提出了近代培根開創的經驗認知的原則和方法。這本書與亞裏士多德的工具相反。
培根在結束自己的政治生涯後，僅用幾個月的時間就完成了《亨利七世傳》這本書，受到了後世歷史學家的高度評價，被譽為“近代史的裏程碑”。
大約在1623年，培根寫了《新島》這本書，這是壹部未完成的烏托邦作品，由羅徠在他去世的第二年首次出版。作者在書中描述了自己對理想社會藍圖的新追求和向往，設計了壹個名為“本色柱”的國家，在這個國家裏，科學主宰壹切，這是培根畢業所倡導的科學“偉大復興”的思想和信念的集中體現。
此外，培根死後留下了許多遺著，後來被許多專家學者整理出版，包括《論事物的本質》、《迷宮的線索》、《對各種哲學的批判》、《自然界的事件》、《論人類的知識》等。