債券發行資金用途的差異:公司債券的主要用途包括固定資產投資、技術升級、改善公司資金來源結構、調整公司資產結構、降低公司財務成本、支持公司並購重組和資產重組；企業債券主要限於固定資產投資和技術創新改造，與政府部門批準的項目直接相關。
信用來源的差異:公司債券的信用來源是發行公司的資產質量、經營狀況、盈利能力和持續盈利能力；但是，企業債券不僅通過“國有”機制(即國有企業和國有控股企業等)實現政府信用。)，而且還通過行政強制手段落實擔保機制，實際信用等級和其他國債差不多。
債券發行金額差異:公司債券最低金額大致為12萬元和2400萬元，公司債券發行金額不低於10億元。
控制程序的差異:公司債監管機構往往要求對債券進行嚴格的信用評級和發行人的信息披露，特別關註發債後的市場監管；企業發債是發改委和國務院批準的，要求銀行擔保；債券壹旦發行，審批部門將不再對發行人的信息披露和市場行為進行監管。
市場功能差異:公司債券是各類公司獲取中長期債務資金的壹種主要方式；企業債受到行政機制的嚴格控制，年發行額遠低於國債、央行票據和金融債，也明顯低於股票的融資額。
擴展數據:
企業債券是指境內具有法人資格的企業依照法定程序發行的，約定在壹定期限內還本付息的有價證券。企業債券壹般由中央部門所屬事業單位、國有獨資企業或國有控股企業發行，最終由國家發改委審批。
參考資料:
百度百科-企業債務