1.成立於不同時期。1990上交所2月成立，深交所7月成立。
2.上市條件不同。上交所和深交所的上市條件和申請類型不同。上海比較適合業績穩定的大公司，深圳適合正在發展的中小公司。
3.責任不同。上海證券交易所的主要職能是:辦理相應的上市申請，安排各類證券上市；組織和監督證券交易；監督會員和上市公司；管理和發布市場信息。
而且深交所有服務意識，按照市場化運作，有點像港交所的味道。
具體表現如下:
1.深交所設有上市推廣部，與各地金融辦合作，向當地企業介紹深交所的服務。港交所也有推廣部，但更多的時候，經常與普華永道安永德勤聯合召開推廣會。
2.深交所舉辦過多次秘書和獨立董事培訓班，每次都吸引了很多企業參加，效果不錯。
另外，目前大盤股壹般在上交所上市，中小盤股壹般在深交所上市。關於證券市場的配置，證監會已經表達了滬深股市各有側重，共同發展的目標。大中型公司更傾向於選擇上交所。因為上交所以大盤股為主，而深交所以小盤股為主，特別關註中小企業板塊。用戶日常買股票壹定要有股票的知識，只有這樣才能在買賣股票時做出正確的判斷。而且在買賣股票的時候，要註意市場的整體走勢。壹般大盤指數上去了，賺錢的機會就大了。買賣股票，壹定要用個人的閑錢。
最後，交易時間:
上交所:如遇競價交易，開倉集合競價時間為每個交易日9: 15-9: 25。9: 30-11: 30，13: 00-15: 00為連續競價時間。但開放期間停牌和復牌的證券除外。
深交所:在競價交易的情況下，開倉集合競價時間為每個交易日9: 15-9: 25。9: 30-11: 30，13: 00-14: 57為連續競價時間。14: 57-15: 00是集合競價的收盤時間。經中國證監會批準，交易所可以調整交易時間。