此外，深圳三九醫藥貿易有限公司在20多年的市場實踐中，形成了有效的制度化、流程化的管理體系。特別是2000年以來，三九醫藥貿易大力推進管理改革，先後實施了企業資源規劃、系統產品管理、知識管理、現代人力資源管理等壹系列管理項目。通過項目的實施，公司的營銷管理體系、財務管理體系、物流管理體系、人力資源管理體系、戰略管理體系和信息管理體系日臻完善，管理水平不斷提高。
此外，深圳三九醫藥貿易有限公司始終堅持“以人為本”的管理理念，建立了完善的各級員工培訓計劃，不斷提升員工的專業素質和工作能力；在人才選拔方面，基於績效至上的文化理念和完善的績效考核，開辟了多種形式的職業發展通道，使優秀人才脫穎而出，為組織能力的提升和公司的可持續發展提供了動力；在激勵機制方面，公司按照市場化原則，通過與業績增長掛鉤，不斷豐富激勵產品，促進員工薪酬福利水平在外部市場的公平性。三九醫藥貿易不是單純追求經濟利益最大化的經濟實體。我們把公司的利益和公眾的利益緊密結合在壹起。
此外，公司時刻關註產品質量，建立完善的質量管理體系，全方位實施GSP，控制經營的各個環節，加強藥品經營的質量管理，絕不讓壹個有質量問題的藥品進入公司的營銷網絡。公司的每壹位員工都有“服務社會，回饋大眾，讓健康陪伴每壹個人”的社會責任感。