投資與統計研究室辦公室(國際水資源研究室):主要負責行政、文秘、保密、監察、審計、外事管理等工作。人事勞動教育處(黨辦):主要負責人事、勞動、黨務、紀檢、精神文明建設、職工教育和離退休幹部管理工作。計劃發展部:主要負責項目申請審核、計劃申報、組織協調、內部委托、內部招標、合同管理、進度管理、成果管理。財務部:主要負責國有資產和項目資金的管理。發展戰略研究室:主要職責是組織開展水利與國民經濟和社會發展的重大關系和重大問題、水利中長期發展戰略、流域和區域水利發展、水利管理體制機制、水利可持續發展等方面的研究。在水利管理體制與運行機制研究、水利投融資機制研究、節水型社會建設研究、防汛抗旱研究、國際河流研究等領域具有突出的研究優勢，並逐步開創保險、稅收、規劃方案等領域的研究。政策研究室:主要職責是組織水利改革發展綜合政策研究，參與制定水利政策規劃和實施方案，收集整理水利政策文件。研究優勢體現在水利工程管理體制與機制、水資源管理體制、水利投融資機制、水權與水價、水土保持政策等方面的研究。特別是在水利工程管理體制和機制的研究方面，已經形成了壹系列的研究成果。法律研究室:主要職責是組織開展水利法律法規研究，參與起草，參與制定水利法律法規和實施方案，收集、匯編水利法律法規。重點研究水利行業法規建設、水資源管理和分配制度、水權制度、農村飲水安全、移民安置和國際河流等方面，並在這些領域取得研究成果。
經濟研究部:主要職責是開展水資源開發、利用、治理、配置、節約和保護等重大經濟關系的研究，在水價、水權、水市場、節水型社會建設、調水工程水價、資金籌集和水資源管理體制與運行機制、流域管理體制與機制、城市水務體制與運行機制等研究領域具有優勢。
綜合研究室(國際水研究室):主要職責是承擔重大綜合水利問題的政策研究和決策咨詢，負責起草綜合水利報告和資料，組織國際水利合作對策和國際水利發展比較與跟蹤研究，組織國內外綜合水利信息的收集、整理和分析，承擔水利發展形勢的分析研究。投資統計研究室:主要職責是做好全國水利統計、投資和規劃的支撐工作，負責經常性、基礎性水利投資計劃的具體業務工作，完成數據建庫、數據上報、審核、匯總和編報年度水利統計年鑒、公報、摘要等任務，做好全國水利普查工作，承擔投資計劃精細化管理、水利統計分析預測等研究工作。
水利文獻信息室:主要職責是承擔水利文獻信息系統項目的建設和管理；開展水利文獻信息的收集、篩選、整理和分析，為水利政策研究提供信息支持；開展水利文獻檢索、查新、信息資源開發和咨詢服務；開展中心信息化規劃建設的相關具體工作。《水利發展》雜誌:負責《水利水電技術》、《水利發展研究》、《中國水利發展報告》的編輯、出版和發行。北京中水潤澤咨詢有限公司是順應水利政策研究與決策咨詢市場發展和決策科學化、民主化要求而成立的現代咨詢企業。公司秉承“科學、誠信、卓越、創新”的精神，致力於水利政策研究、水利水電信息和水利工程技術咨詢業務，努力將公司建設成為水利行業知名的、有影響力的咨詢機構。
北京元欣水利電力科技開發有限公司是水利部發展研究中心下屬的全民所有制企業。主要提供網站網絡維護、後勤保障、會議培訓、人事服務等服務。，還考慮到項目開發、研究咨詢等外部運營。公司下設:綜合服務部、網絡服務部、車輛服務部、物流服務部。