美國最基本的知識是三權分立，即司法權、立法權和行政權的分立。
雖然美國聯邦調查局和中情局都是美國的部門，但美國聯邦調查局屬於司法部門，而中情局是情報機構，在壹定程度上屬於總統。所以兩個部門之間沒有聯系。
而且中情局的調查僅限於偵查，不能逮捕。雖然美國聯邦調查局有權，但重大事件自然需要司法部回應。中央情報局的行動不同於美國聯邦調查局的行動，它們是絕對秘密的。即使在壹定程度上，國會也不能幹預。總的來說，中情局幾乎相當於總統的機關。由於分權，壹個為總統工作，另壹個為司法部工作。
如果美國聯邦調查局與中情局合作，恐怕是對美國安全的嚴重威脅，比如911事件，嚴重到直接威脅到美國的安全。在這件事上，美國聯邦調查局和中央情報局仍在合作。但通常兩個機構各司其職，沒有交集。