1，民事責任，公司可以要求員工賠償因違約或侵權給公司造成的損失。
2、行政責任，工商行政管理部門有權依法責令停止違法行為，並可根據情節處以1萬元以上20萬元以下的罰款。
3、刑事責任，對於違反保密協議並造成嚴重後果的當事人，我國刑法規定了侵犯商業秘密罪。侵犯商業秘密罪中的重大損失是指經濟上的重大損失，包括利潤減少、虧損增加、造成破產、在競爭中處於劣勢等。根據司法實踐，給商業秘密權利人造成直接經濟損失數額在五十萬元以上，權利人破產或者造成其他嚴重後果的，應予追訴。
保密協議的作用:
1.防止勞動者泄露用人單位的商業秘密、知識產權等保密事項，保護用人單位的合法權益不受侵犯；
2.勞動者在完成保密協議的同時，也從用人單位獲得了合理的經濟補償。從而實現權利與義務的壹致。
3.有利於反對不正當競爭，維護社會經濟穩定；
4.有利於維護社會就業環境的穩定。
法律依據:
中華人民共和國刑法
第二百壹十九條有下列侵犯商業秘密行為之壹，情節嚴重的，處三年以下有期徒刑，並處或者單處罰金；情節特別嚴重的，處三年以上十年以下有期徒刑，並處罰金:
(壹)以盜竊、賄賂、欺詐、脅迫、電子入侵等不正當手段獲取權利人的商業秘密；
(二)披露、使用或者允許他人使用以前款手段獲取的權利人的商業秘密；
(三)違反保密義務或者權利人保守商業秘密的要求，披露、使用或者允許他人使用其掌握的商業秘密。
在前款所列行為中，明知是商業秘密而獲取、披露、使用或者允許他人使用該商業秘密的，視為侵犯商業秘密理論。
本條所稱權利人是指商業秘密的所有人和經所有人許可的商業秘密的使用人。