（壹）申請人向所在省綠辦提交正式的書面申請，並填寫《綠色食品標誌使用申請書》（壹式兩份）、《企業生產情況調查表》。
（二）各省綠辦將依據企業的申請，委派至少兩名綠色食品標誌專職管理人員赴企業進行實地考察。考察合格者，將委托定點的環境監督部門對申報產品或產品原料環境進行監測。
（三）省綠辦結合考察情況及環境監測和現狀評價結果對申請材料進行初審，並將初審合格的材料上報中國綠色食品發展中心。
（四）中國綠色食品發展中心對上報材料進行審核。審核合格者，由省綠辦對申報產品進行抽樣，並由定點的食品檢測機構依據綠色食品產品標準進行檢測。不合格者，當年不再受理其申請。
（五）中國綠色食品發展中心對檢測的產品進行終審。
（六）終審合格者的企業與由中國綠色食品展中心簽定綠色食品標誌許可使用合同。不合格者，當年不再受理其申請。
（七）中國綠色食品發展中心對上述合格的產品進行編號，並頒發綠色食品標誌使用證書。
（八）申報企業對環境監測結果和產品檢測結果有異議，可以向中國綠色食品發展中心提出仲裁檢測。