1，認證對象不同:知識產權認證的對象是企業的知識產權，包括專利、商標、軟件作品等。，屬於無形產品，而ISO認證的對象是企業的產品，屬於有形產品。
2.標準不同:知識產權標準依據GB/T29490-2013《企業知識產權管理標準》，屬於國家標準，已獲國家認監委認可；ISO認證以ISO標準族為基礎，包括ISO9000、ISO14000等。以上標準由國際標準化組織制定，經中國國家質量監督檢驗檢疫總局和國家認證認可監督管理委員會認可，是代表企業與國際接軌的先進標誌。
3.認證的目的不同:知識產權實施標準的目的是保護企業的知識產權，防範日常經營中的知識產權風險；ISO認證的目的是提高和保證產品質量，使企業獲得更大的經濟效益，增強競爭力。
ISO認證和知識產權認證可以並存，對提高企業資質和競爭力非常有利。