凡具有綠色食品生產條件的單位和個人，如申請使用綠色食品標誌者，均可成為綠色食品標誌使用權的申請人。申請程序如下：申請人向中國綠色食品發展中心或所在省、自治區、直轄市綠色食品辦公室領取申請表格及有關資料。申請人按要求填寫“綠色食品標誌使用申請書”、“企業及生產情況調查表”，並連同生產操作規程、企業標準、產品註冊商標文本復印件及省級以上質量監測部門出具的當年產品質量檢測報告壹並報所在省（區、市）綠色食品辦公室。由各省（區、市）綠色食品辦公室派專人赴申報企業及其原料產地調查，核實其產品生產過程的質量控制情況，寫出正式報告。由各省（區、市）綠色食品辦公室確定省內壹家較權威的環境監測單位（通過省級以上計量認證），委托其對申請企業進行農業環境質量評價。由各省（區、市）綠色食品辦公室初審後報送中國綠色食品發展中心審核。由中國綠色食品發展中心通知申請材料合格的企業，接受指定的綠色食品監測中心對其產品進行質量衛生檢測。同時，企業須按《綠色食品標誌標準設計手冊》要求，將帶有綠色食品標誌的包裝方案報中國綠色食品發展中心審核。由中國綠色發展中心對申請企業及產品進行終審後，與符合綠色食品標準的產品生產企業簽訂《綠色食品標誌使用協議書》，然後向企業頒發綠色食品標誌使用證書，並向社會發布通告。綠色食品標誌使用證書有效期為3年。在此期間，綠色食品生產企業必須接受中國綠色食品發展中心委托的監測機構對其產品進行抽檢，並履行“綠色食品標誌使用協議”。期滿後，若欲繼續使用綠色食品標誌，須於期滿前半年辦理重新申請手續。