1、經營模式：旗艦店通常是商家以企業自有品牌入駐電商平臺，所開設的店鋪稱為該品牌的“官方旗艦店”。專營店則是企業在電商平臺上同壹級類目下經營多個（至少兩個）品牌，此類店鋪稱為“專營店”。
2、品牌資質：旗艦店需要國家商標總局頒發的商標註冊證或商標受理通知書，也就是要註冊商標。而專營店則可以是自有品牌和他人品牌。
3、商品種類：旗艦店壹般只經營同壹品牌、同壹個壹級類目下的所有產品。而專營店則沒有明確的經營範圍。