微生物肥料可以兼具肥料和抗病功能。前者主要增加營養源(如固氮、加速有機質分解)、有效性(溶解固定的磷、鈣、鎂等。)，並促進吸收；後者是根圈保護的作用。
微生物肥料是基於土壤有益菌的概念嗎？人群戰術？這種方法是在根區施入大量有益微生物，利用競爭養分的原理抑制有害微生物的種群，產生拮抗作用。
微生物肥料的分類
根據微生物肥料成分的不同，可分為微生物菌劑、復合微生物肥料和生物有機肥三大類。
根據微生物的不同功能，它們可分為以下六類:
固氮菌:可分為共生型、共生型和非共生型三種。前者如豆科植物的根瘤菌固氮菌，固氮能力強；後者屬於遊離固氮菌，固氮效率差。解磷菌:能溶解土壤中不溶性結合磷，如磷酸鐵、磷酸鋁(酸性土壤)、磷酸鈣(堿性土壤)。菌根真菌:能提高根系對磷的吸收，抗旱抗病。分解菌:促進有機物分解，提供作物養分。聚合物分泌菌:分泌多糖，改善土壤團聚體。生長激素合成菌:分泌生長激素，促進作物生長。如何使用微生物肥料
微生物肥料的使用方法非常方便，只要種子、作物根系或幼苗直接與接種劑充分接觸即可。壹般來說，微生物肥料的劑型可以分為液體和固體。液體可以通過幼苗接種、種子接種、種植後接種或直接倒入土壤中施用，而固體可以通過幼苗接種和種子接種施用。為了使微生物肥料發揮最大的作用，必須註意以下事項:
土壤不宜過酸或過堿:土壤pH值小於5或大於7.8都會影響各種養分的吸收和有效性，微生物肥料的作用也會受到限制。所以，如果土壤pH值過高或過低，必須先改良。配合微生物繁殖的地方:微生物肥料是活菌，施入土壤後需要繁殖和存活，而存活最好的地方是根圈，所以施入根部效果最好。如果在微生物肥料的稀釋劑中加入少量的腐植酸、糖蜜或營養物質，將有助於微生物的繁殖和生存。滿足作物需求:各種作物在不同生長階段要滿足不同微生物肥料的需求，微生物肥料越早接種越好，幼苗接種最有效。以多年生果樹為例，生長期側重於提高氮磷功能的品系，果中期側重於提高磷功能的品系。微生物肥料的質量要求:微生物肥料是活菌，因此，接種劑的質量要求要保持菌數，菌的活性要高，要能適應當地的環境和雜菌少的要求。微生物菌劑的保存方法和註意事項如下:
低溫陰涼處存放，避免與有毒農藥，尤其是殺菌劑混放。微生物菌劑的質量要求如下:
細菌數量要多，細菌活性要高，適應性要高，雜菌雜質要少。總之，從事種植的朋友要和土壤、作物交朋友，充分了解土壤、作物的特性，才能做出正確的肥料管理。土壤中的微生物具有相互平衡的作用，所以施用微生物肥料可以壹勞永逸，但要年年施用，使土壤的微生物相逐漸恢復到健康狀態。通常單壹菌種的產品達不到效果，需要使用復合菌種。而且沒有所謂的萬能肥料，不要被廣告噱頭忽悠了。