商標轉讓與商標註冊，兩者都是通過壹定的合法措施，在商標局進行核準最終通過的方式獲取商標。隨著對於知識產權的看重，商標在企業的運營中占據著有力的位置，因此通過商標註冊或者商標轉讓進行牟取利益的不法分子也逐漸變多，下面是會遇到的問題以及相應的應對。
①無效申請問題
商標註冊申請被受理後所取得的“商標註冊申請受理通知書”，只是表明該申請人的主體資格和商標申請文件符合商標註冊申請的要求，商標註冊申請被商標局受理而進入審查程序，它並不表示該商標註冊申請成功的可能性大小或其它什麽意思。
從極端的角度上說，即使壹個商標因為違反法律的規定而絕對不可能獲準註冊，而該商標的註冊申請只要申請人和申請文件符合規定，也能取得“商標註冊申請受理通知書”。因此，將根本不可能獲準註冊的商標註冊申請稱之為無效申請。顯然，如果商標受讓人轉讓得到是壹個無效申請的話，得到將是“竹籃打水壹場空”。
②多次申請問題
商標註冊申請人如果將壹個完全相同或類似的商標在同壹個類別中辦理兩次或兩次以上的申請，而將後壹次的商標註冊申請轉讓他人，那麽即使這個商標具有非常好的創意和可註性，而該商標的受讓人永遠也不可能得到這個商標。
因為商標法規定“兩個或兩個以上的商標註冊申請人，在同壹種商品或類似商品上，以相同或者近似的商標申請註冊的，初步審定並公告申請在先的商標”。
關於商標轉讓的糾紛問題。
如果該商標的轉讓申請還處在商標局轉讓審查進程中的，為了便於當事人主張自己的權利，對於這類商標轉讓糾紛，商標局會給於當事人壹個合理的時限，當事人應該盡快通過司法訴訟來主張權利，超過該時限，商標局仍然會繼續進行相應的正常商標轉讓審查程序。
壹旦商標轉讓申請被商標局核準公告後，則該商標轉讓行為已經事實產生法律效力。涉及到法律權限問題，當事人只能通過法院的申請證據保全措施來暫時凍結該商標轉讓後的權利實施，並通過訴訟書程序來解決相關商標轉讓糾紛。
對於假冒、偽造的商標非法轉讓問題，則需要通過當地的公安部門以偽造印章、文書，非法侵占財產等進行刑事鑒定，然後通過司法程序解決。對於商標局作出的“不予受理”、“不予核準”等等行政決定的行政糾紛，可以向國家工商總局進行反映或者行政復議，或者行政訴訟等途徑解決。
註冊商標的轉讓只有在核準公告之日起商標受讓人才擁有該被轉讓商標的全部法律權益，而在註冊商標轉讓核準公告之前，被轉讓商標的實際權益仍然屬於商標轉讓人。因此，關於商標在轉讓申請審查進行中的商標權益問題，只能通過商標轉讓雙方事先在商標轉讓合同中進行相應的權利約定。