為了保護圖靈礦，嚴羽的五名士兵分成了兩路。嚴羽，基洛和西洋去尋找傳說中守護圖靈礦的駱駝。靈異和嘉靖留在了礫石城。在此期間，靈異發現他死去的哥哥淩昊已經成為惡靈組織的壹員，並且是自己的敵人！面對哥哥的攻擊，淩毅幾次不忍下手。另壹邊，嚴羽和他的三個手下在沙漠中遇到了壹只小駱駝——土豆太太。在茫茫大漠中，嚴羽和薯芋互相幫助，結下了深厚的友誼。然而，在壹次惡靈的襲擊中，嚴羽為了保護駱駝，身受重傷！為了救嚴羽，坦太郎帶著壹群人去了生命之源。原來，坦塔羅就是傳說中的駱駝。沒想到惡靈組織悄悄跟蹤了嚴羽他們所有人。眼看生命之源封印即將修復，邪靈的鐵和畢升突然爆發，嚴羽召喚出新的機甲——無匹龍神，在危急關頭成功擊退敵人，生命之源也在駱駝的修復下沈入地下。
嚴羽五人重逢。此時，惡靈組織已經獲得了圖靈礦石的地下分布圖，並試圖制造壹種吸取裝置來聚集地下圖靈礦石的力量。畢升甚至以淩昊為由威脅靈異加入惡靈組織。為了找出惡靈的據點，嚴玉儀將計就計，靈異故意叛變，深入惡靈內部，找出吸器的位置，與嚴玉儀合作。在壹場慘烈的戰爭中，靈異為了同伴保護沙礫城打敗了淩昊，基洛也在戰鬥中被打得粉碎。在大家的努力下，終於打敗了邪靈將軍畢升。
當大家以為壹切都會平息的時候，卻發現金博城的閆醫生和林醫生根本聯系不上。在返回金博城的路上，壹群人救出了被惡鬼追逐的少年項容。在誤打誤撞的過程中，他們得知也與惡靈有不共戴天之仇，並從口中得知惡靈為了得到金波城的能量石——黃金聖杯，將延和林博士抓了起來。與此同時，賈靜宜等人也發現惡靈為了研發最強機甲，想盡辦法得到了壹個獅子化石。於是壹行六人決定兵分兩路，尋找靈石化石和聖杯的下落。
嚴羽、昔陽、三人為了尋找聖杯，去拜訪嚴博士和林的老師達爾文，沒想到達爾文因為心愛的寵物被機械殺死。他不僅沒有暴露身份，還偷走了嚴羽的召喚師。不料此時出現了邪靈組織羅沙，在關鍵時刻被嚴羽等人救下，從而影響了達爾文。
另壹方面，賈敬、淩毅和基洛按照林牧博士的指示去尋找獅子化石。在采礦機器人羅密歐的幫助下，他們終於找到了化石，但突然他們遭到了惡靈的襲擊。基洛利用獅子化石成功召喚出來的火獅也在戰鬥中消失了。很多人決定立即返回研究所開發火獅，但出乎意料的是，他們在路上遇到了惡靈的伏擊。危難之際，嚴羽等人現身相助，火獅也在爭分奪秒中研制成功，成功擊退敵人！
這時，達爾文告訴壹群人，金波城沒有能量石——黃金聖杯。在他們覺得救父親無望的時候，達爾文發現了顏博士和林博士發出的求救信號，他們正被囚禁在惡靈的空中堡壘裏。經過壹場危險的偷襲，他們終於救出了兩名醫生，但項容因為幫助禹巖逃跑而被惡靈抓住。這時，他們中的壹個人發現項容其實是惡靈指揮官希特的兒子！
顏博士和林博士獲救後，得知金博城沒有能量石，決定先通過邪靈找出支撐整個金博城運轉的“中央電腦”。沒想到，這壹切都被羅沙監控了！羅沙也借此機會殺死了希特，並以希特是被禹巖人殺死為由，讓項容臣服於邪靈。
與此同時，嚴羽在得知惡靈要墜落拿到中央電腦後，急忙上前阻止，卻發現在強大的惡靈和各種阻礙面前，不僅機甲受損，淩翼還犧牲了自己的機甲，使嚴羽能夠進化成合體機甲！
帶著不惜壹切代價阻止邪靈統治世界的決心，壹群人重振士氣，再次向已經被邪靈控制的中央塔樓出發。嘉靖、昔陽和基洛設法轉移山上的老虎，使禹巖成功地潛入中央塔。成功入塔的嚴羽，又遇到了羅沙。在關鍵時刻，項容出現了。原來，項容壹直和惡靈呆在壹起，為的是找到中央電腦壹舉消滅惡靈的機會！沒想到，中央電腦的能量還是被逆轉了，世界逐漸開始機械化。羅沙加強了他所駕駛的末日戰神的力量。當嚴羽逐漸被打敗的時候，靈異突然出現，拯救了大家。聚集了禹巖、靈異、嘉靖、昔陽、基洛五行的能量，羅剎終於被打敗了！
卻發現中央電腦並沒有停止，世界還在繼續機械化。唯壹的辦法就是使用機甲召喚師中的隕石能量！經過痛苦的掙紮，五人終於明白，機甲獸神的終極使命是保護世界，五人決定忍痛告別機甲！
機械化的能量逐漸消散，世界再次和平。