南京吳良材和上海吳良材是2個不同公司。
具體區別如下：
1、地點不同，上海吳良材總部上海，南京吳良材總部在南京。南京吳良材地址：南京市秦淮區太平南路357號；上海吳良材地址（上海三聯集團公司）：上海市南京東路463號－477號。
2、公司法人不同。上海吳良材是屬於上海三聯有限公司，其法定代表人是浦靜波；南京吳良材的法定代表人是包春發。
3、創辦時間各不相同，南京吳良材晚於上海吳良材。上海三聯（集團）有限公司：始建於1956年，是全國唯壹壹家專業經營鐘表、眼鏡、照相器材零售批發的企業集團；南京吳良材有限公司：1979年11月13日在南京市工商行政管理局登記成立。
擴展資料
南京吳良材是民國時期上海吳良材設立在南京的分公司，後因解放後公私合營，分別並入了當地的百貨公司而分家，之後南京吳良材在1979年恢復工商登記，而上海吳良材在1982年才恢復工商登記，1989年註冊商標上海吳良材。
上海吳良材對於南京吳良材的競爭優勢主要體現在“吳良材”商標上。1989年10月，上海吳良材獲得首個“吳良材”註冊商標專用權，核定使用商品為第9類，此後又先後在1999年6月、2004年8月、2010年2月獲得3個“吳良材”註冊商標專用權，覆蓋了眼鏡服務行業涉及的領域。
就上海吳良材和南京吳良材的發展歷史來看，主觀上不存在需要濫用他人勞動成果、商業信譽的問題，南京吳良材也為“吳良材”的商譽發展做出了積極貢獻，因此也不構成不正當競爭。
類似的情況並不鮮見，比如亨得利、雷允上，這些案例最後的處理結果都是允許***用，但為了不讓消費者混同，壹般會要求各方在使用名稱時加以區分，比如“南京吳良材”、“上海吳良材”。
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百度百科：上海三聯（集團）有限公司
人民網-上海南京“吳良材”爭訟再起 專家:尊重歷史***同發展