商標侵權的認定部門是工商行政管理部門或人民法院。工商行政管理部門對商標侵權行為的查處主要有兩種形式：壹是依職權主動查處;二是依投訴(舉報)查處。《商標法》規定：對侵犯註冊商標專用權的行為，工商行政管理部門有權依法查處。從此條的規定可以看到，只要發現商標侵權行為，工商行政管理部門就可以主動查處。但是，在實踐中工商行政管理部門對商標侵權行為的主動查處，存在著向商標權利人求證比較困難的情況，這在壹定程度上制約了此類案件的查處。所以，工商行政管理部門依據商標權利人投訴查處的案件占大多數。也就是說，在商標專用權的保護方面，目前在很大程度上、或者說主要還是被動保護，即商標權利人或利害關系人發現侵權行為後向工商行政管理部門投訴請求查處。工商部門為制止商標侵權行為可以采取的措施主要是：①責令立即停止侵權行為;②沒收、銷毀侵權商品;③沒收、銷毀專門用於制造侵權商品、偽造註冊商標標識的工具。④處以罰款。人民法院是依原告的起訴才能進行認定，施行不告不理的原則。
法律依據
《中華人民***和國商標法》第六十條有本法第五十七條所列侵犯註冊商標專用權行為之壹，引起糾紛的，由當事人協商解決;不願協商或者協商不成的，商標註冊人或者利害關系人可以向人民法院起訴，也可以請求工商行政管理部門處理。工商行政管理部門處理時，認定侵權行為成立的，責令立即停止侵權行為，沒收、銷毀侵權商品和主要用於制造侵權商品、偽造註冊商標標識的工具，違法經營額五萬元以上的，可以處違法經營額五倍以下的罰款，沒有違法經營額或者違法經營額不足五萬元的，可以處二十五萬元以下的罰款。對五年內實施兩次以上商標侵權行為或者有其他嚴重情節的，應當從重處罰。銷售不知道是侵犯註冊商標專用權的商品，能證明該商品是自己合法取得並說明提供者的，由工商行政管理部門責令停止銷售。
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