雲南農業職業技術學院下設農學與園藝技術學院、畜牧獸醫學院、食品藥品與大健康學院、工程學院、互聯網技術學院、經濟管理學院、思想政治理論課教學科研部、公***基礎部和體育工作部***六院三部。
雲南農業職業技術學院現有教職工541人，其中教授29人、副教授106人，雲嶺名師1人，占專任教師的54.22%；博士研究生7人、碩士研究生163人，占專任教師的68.27%；“雙師素質”教師186人、占專任教師的74.70%，其中98位教師擁有農業行業職業技能鑒定考評員資格，省級教學名師3名；省級以上教育教學改革成果101項，其中，國家級15項；國家專利107項，農業農村部申報新品種10項。獲省級以上表彰獎勵46項，其中科技進步獎3項。
雲南農業職業技術學院開設專業49個，在籍學生10913人。其中，畜牧獸醫、園藝技術、工程造價3個專業被教育部認定為國家級骨幹專業，畜牧獸醫、園藝技術、工程造價、作物生產技術、中草藥栽培技術、農產品加工與質量檢測、財務管理7個專業為省級骨幹專業。