蛋白質序列指紋是基於多序列比對的結果，由比對結果得到的壹系列相當保守的序列模體構建而成，用於表征蛋白質家族的特征。蛋白質指紋技術由蛋白質芯片和分析儀器——表面增強激光解吸電離飛行時間質譜組成。它可以記錄患者血清中蛋白質組分的變化，繪制蛋白質指紋質譜圖，顯示樣品中各種蛋白質的分子量和含量。通過這項技術，未來人們有可能擁有自己的光盤，記錄自己壹生中不同階段的蛋白質指紋，在分子水平上了解和觀察自己的生理變化，或者作為治療前後的對比參考。蛋白質指紋和蛋白質芯片是繼基因芯片技術之後的新壹代生物芯片技術。蛋白質指紋技術(該技術已獲得中國蛋白質指紋專利:用於生物樣本分析的蛋白質指紋技術，專利號03148375.5，發明人:徐洋)被國際頂級科學雜誌《科學》和權威醫學雜誌《柳葉刀》評為世界蛋白質指紋和蛋白質芯片第壹技術。其專利蛋白指紋技術的最大優勢是快速、簡單、易操作、樣品消耗量小和高通分析。可直接檢測尿液、血液、腦脊液、關節腔滑液、支氣管洗脫液、細胞裂解液及各種分泌物等。，在應用上有絕對優勢。在美國，通過應用蛋白質指紋專利技術，壹些來自州立和市立大學的科學家處於科技前沿，成為世界科技領袖。
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