編制方法也如別人所說，已經越來越成熟。但更重要的是，如何選擇編譯對象。與現代計算機科學不同的是，計算機系統的構建是自下而上，從代碼到功能逐步實現的；對生物系統的理解是自上而下的，先有自己的生物，再嘗試分析遺傳密碼和功能的詳細關系。生物體內存在非常復雜的信號轉導調控，包括各種正/負反饋調控、冗余通路等。目前，我們選擇這些信號通路的方法仍然是基於傳統的生化和分子生物學分析方法，效率低，重復性差。可以說，今天制約我們正確、準確地使用和匯編基因組信息的最大障礙仍然是方法論本身。發展很快，但遠遠不夠。生物技術的發展還在等待革命。
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