此外，李愛民是“十二五”和“十三五”國家重大水利工程淮河項目的負責人，長期從事汙水/廢水處理和資源化的理論和技術研究。“十壹五”以來，針對我國淮河“水資源短缺、水汙染事故頻發、生境破壞”等突出問題，研發了“化學廢水處理與減毒、區域廢水循環與安全利用、汙染河流生態治理與健康修復”等關鍵核心技術，為我國淮河等重點流域水環境治理與生態修復提供了重要的科技支撐。作為技術負責人，處理了4起重大突發性水汙染事故，受到江蘇省環保廳和生態環境部的肯定。他創辦了長江生態文明創新中心、南京大學鹽城環保技術與工程研究所、南京環保產業創新中心等科技平臺，利用開發的技術創辦了6家高新技術企業。
李愛民先後獲得國家科技進步二等獎兩項(排名1)、國家技術發明獎1(排名2)、首屆國家創新獎1。在國內授權發明專利185項(其中3項獲得中國專利優秀獎)，在美國和歐盟的26項國外專利獲得江蘇省技術發明人獎。發表SCI論文近400篇，是科瑞威安全球高被引科學家，連續六年入圍愛思唯爾中國高被引學者名單。入選國家“萬人計劃”(2013)專項支持計劃首批領軍人才，長江學者特聘教授(2009)，國家傑出青年基金獲得者(2008)，江蘇省“333高層次人才培養工程”壹級中青年首席科學家，江蘇省“十大”技術發明人。