1、索取付款憑證：要求對方公司提供付款憑證，例如銀行轉賬記錄、電匯憑證等，這可以作為依據來確認對方已經付款，並作為入賬的憑證。
2、簽訂合同：確保合作開發專利的合同明確約定了雙方的權益和付款責任，並在合同中註明另壹方不開具發票的情況下的入賬方式。
3、出具收款證明：您可以自行出具收款證明，將付款的具體金額和日期等信息記錄在上面，同時請對方確認簽字。