由於116號文件規定“專門用於R&D活動的儀器設備折舊費或租賃費”可以扣除，壹方面，即使是企業用於R&D活動的儀器設備也不能扣除，但這些儀器設備用於維護、修理、改造、改裝的費用(包括期間費用和資本化費用)不能扣除；另壹方面，企業用於R&D活動的儀器設備以外的其他固定資產的折舊費用和租賃費用，以及維護、修理、改造、改裝等費用(包括期間費用和資本化費用)不能加計扣除，如用於R&D活動的房屋、建築物、汽車等；此外，用於R&D活動和壹般生產的儀器和設備的折舊費用和租賃費用，以及維護、修理、改造和修改的費用，因為不是特殊的，所以不能加計或扣除。
文件編號116規定“專門用於中間試驗和產品試制的模具和工藝設備的開發制造費用”可以加計扣除。因此，用於中間試驗和產品試制的設備調整和檢驗費用、樣品、樣機和通用試驗手段的購置費、試制產品的檢驗費用不能加計扣除。根據文件編號116，“R&D成果論證評估驗收費用”可加扣。因此，R&D成果評估及知識產權申請費、登記費、代理費等費用不能加計扣除。