染色質可以在交聯後保留下來。染色質構象捕獲技術(3C和Hi-C)及其衍生技術(DNase Hi-C和Micro-C)在不同的水平和分辨率下尋找和分析染色體的折疊形式。現有的染色質構象捕獲技術依靠甲醛交聯蛋白和DNA，通過限制性內切酶或DNase，Mnase切割DNA，然後重新連接空間相鄰的DNA。將重新連接的DNA文庫通過高通量測序，分析比較其來源，繪制染色質相互作用圖。通過這個交叉圖，人們發現了染色體折疊形成的許多結構，包括染色質環1、染色質結構條帶、染色質結構域、拓撲結構結構域2和活動與非活動區室3。但交聯DNA和蛋白質與甲醛的反應是可逆的，交聯產物不穩定。此外，與DNA交聯的蛋白質可能會阻止限制性內切酶在空間中識別DNA，從而導致對DNA的不完全限制。因此，在不同的細胞中，連接位點會有所不同，這大大增加了異質性，從而增加了染色質交叉圖上的“背景”，影響了對染色質結構的正確分析。此外，與限制性內切酶相比，DNase和MNase可以將DNA切割成更小的片段，因此基於DNase和MNase的衍生技術DNase Hi-C和Micro-C可以大大提高染色質交叉圖譜的分辨率。但是由於DNA和蛋白質仍然是通過甲醛交聯的，DNA酶和MNase會更傾向於切割開染色質區域。所以觀察到的染色體結構也會有偏差。
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