兩者都屬於知識產權的概念，只是類型不同。軟件著作權登記證書是通過國家認可機構(版權保護中心)對軟件證明材料的審查而獲得的，而專利是受法律規範保護的發明創造。是指向國家審批機關(專利局)提交專利申請，經依法審查通過後，授予專利申請人在規定時間內享有發明專有權的發明。
計算機軟件著作權，是指軟件開發者或者其他權利人根據有關著作權法的規定，對軟件作品享有的專有權利；就權利的性質而言，它屬於民事權利的壹種，具有與民事權利相同的特征。
軟件著作權登記不是專利，是著作權。版權登記的流程如下:
1.提出申請，並提交申請人的身份證明、作品原件、作品說明等書面材料；
2、經登記機關初審後，予以受理；
3.審查合格的，予以註冊，申請人可以領取註冊證書。
法律依據:《計算機軟件保護條例》第壹條
為了保護計算機軟件著作權人的權益，調整計算機軟件開發、傳播和使用中的利益關系，鼓勵計算機軟件的開發和應用，促進軟件產業和國民經濟信息化的發展，根據《中華人民共和國著作權法》，制定本條例。