2013年，學校新立項科研項目20項，其中省教育廳科研項目自然類6項（有3項自籌），人文類2項；校級自然項目7項，人文類5項，獲得教育廳資助4萬元。2013年高校省級優秀青年人才重點項目4項，獲得資助資金*** 34萬元；2013年省衛生廳第三批醫學科研課題計劃1項，獲得資助8萬元。
截至2014年，學校獲準立項省廳級以上科研課題130項，發表論文789篇，其中SCI論文13篇。獲國家實用新型專利844項。累計獲得合肥市知識產權局給予的專利補助30.4萬元。 學術刊物 《安徽醫學高等專科學校學報》是安徽醫學高等專科學校主辦的綜合性學術期刊，為全國優秀學報。學報主要刊發高職教育教學改革研究及其他社會科學研究和自然科學研究的學術論文。 館藏資源
2014年底，安徽醫學高等專科學校圖書館館藏各類紙質圖書達53.8萬冊，電子圖書10300GB，有中外文紙質期刊505種， 電子期刊8756種；有電子閱覽室1個；閱覽室492個座位。校圖書館可訪問的電子資源包括：中國知網、萬方、書生、EBM、Springer Link 等18個中外文數據庫和高校資源***享平臺。學校圖書館館藏資源均對社會開放。