盡管“大膽”，可是在探路的過程中王曉東卻非常務實。去壹些科研機構參觀，看著掛滿壹墻的專利，他覺得這實在是壹種糊弄外行的浪費，因為專利的申請和維持都需要不菲的費用，不能轉化的專利失去了存在的意義。
“真正原始創新的科研無章可循。研究者要有心靈上的自由。”王曉東從科研角度，闡述了自己的管理理念。
早些年在美國工作時，王曉東取得過多項國際壹流研究成果。他的學術論文發表在《科學》《自然》《細胞》等國際頂尖學術期刊上。2004年4月，41歲的王曉東當選為美國國家科學院院士，成為當時中國內地20多萬赴美留學生中進入美國科學界最高殿堂的第壹人。