A、冷凍治療本身有止痛的作用，又可在局麻下治療，不受麻醉條件的限制，降低了患者手術風險。然而射頻消融是熱療，局麻下非常疼痛，無法完成手術，壹般需要硬麻或全麻，有麻醉條件限制。同時麻醉師到B超室、CT室為患者做麻醉，需要攜帶監護儀、麻醉機，壹方面增加醫生工作量，同時也增加了患者風險。
B、射頻消融治療在影像下只能監測穿刺的過程，由於熱療會使治療區產生氣化效應，術中治療區與非治療區影像無法判斷，因此無法監測治療過程和治療效果。而冷凍治療不光能監測穿刺過程，還能監測術中的冷凍區域，術後判斷療效。冷凍有溫度監測系統，可以實時監測治療過程的溫度。
C、射頻屬於熱療，熱療易損傷大血管。由於血管的熱池效應(即大血管內流動的血液能帶走冷的溫度，因此大血管周圍不易形成冰球)，冷凍治療不會損傷大血管。有很多醫生做了動物試驗，將冷凍探針直接插到大於4mm的血管周圍冷凍，發現血管並未損傷。說明冷凍治療大血管周圍的腫瘤是安全的。
D、射頻消融雖然單針治療區域大，但是不能多針同時組合應用，因此，治療區域較小。而冷凍治療可多針組合，最多可同時應用25根針，治療區域更大，縮短治療時間，提高治療效率。
E、探針比射頻的探針小，並發癥發生更低，更安全。