1991留英博士回國後，壹直從事植物病理學、植物病害生物防治、環境微生物、生物防治微生物基因工程、基因組學等方面的教學和科研工作。主持國家自然科學基金項目2項，國家教委資助項目2項，國家863 1項目，省自然科學基金1重點項目，省重點科技項目3項。在國內外發表論文130余篇(其中SCI和EI源40篇，《植物病理學評論》1篇，國際會議32篇)。出版專著8部；獲黑龍江省科技進步二等獎(核盤菌致病機理的宏觀與微觀研究，殺菌劑抗性基因的轉化與利用研究)；申請國家發明專利5項；應邀出席7次國際會議，主持4次國際會議。
對植物病害重要生防細菌毛殼菌基因組的EST進行了初步研究，完成了毛殼菌菌絲生長期cDNA文庫的構建。國內外首次獲得毛殼菌中1381表達基因，全部在國際GENBANK(DDBJ)註冊，其中513基因也存在於其他生物中，868個基因為新基因。《科學新聞》在顯著位置報道了這壹研究成果。引起了國內外同行的關註。
完成角毛藻菌絲生長期和幾丁質酶誘導的EST測序，率先在國際GENBANK註冊了4490個角毛藻EST基因序列。
對另壹種重要的植物病害生防細菌木黴菌基因組的EST進行了初步研究，構建了木黴菌絲生長期cDNA文庫。隨機選取4128個克隆進行測序，在國內外首次獲得1740個木黴菌中表達的基因，均已在國際GENBANK(DDBJ)註冊。哈茨木黴幾丁質酶誘導的EST測序完成，1386 EST基因序列在國際GENBANK註冊。
該研究為揭示毛殼菌生物防治功能的遺傳基礎開辟了新途徑，為繼續研究生物防治相關功能基因、研究其表達產物和開發新壹代生物農藥奠定了不可或缺的理論基礎，是具有自主知識產權的原創性研究的良好開端。
在國內外發表文章130余篇。出版了以下八本專著:
核盤菌，黑龍江科學技術出版社，1994。
植物病原菌抗藥性概論，黑龍江科學技術出版社，1995。
植物病理學研究與新技術應用，中國科學技術出版社，1997(第壹主編)。
楊倩，《植物害蟲生物防治高級研究》，黑龍江科學技術出版社，2000
楊倩，《生物控制與生物技術》，黑龍江科學技術出版社，2003
楊倩，植物病原菌抗藥性的分子生物學，科學出版社，2003
楊倩& amp於，植物病蟲害生物防治與生物技術研究，黑龍江科學技術出版社，2005
楊倩等.微生物教學與研究新進展，黑龍江科學技術出版社，2005。