科研獲獎 根據2016年3月研究院官網顯示，至2009年，上海生命科學研究院獲國家科技獎勵12項、地方科技獎勵53項、軍隊科技獎2項。
2014年，上海生科院***獲國家、省部委及各類社會力量獎勵77項。 國家級獲獎 獲獎名稱 項目 時間國家自然科學獎二等獎 TRPC通道促進神經突觸形成機制的研究2014 國家自然科學獎二等獎 水稻重要生理性狀的調控機理與分子育種應用基礎2014 國家自然科學獎二等獎 DC細胞活化調控與Th細胞分化機制在免疫相關疾病中的研究2013 國家教育部自然科學獎壹等獎 東亞人群和混合人群基因組的連鎖不平衡研究2012 國家自然科學獎二等獎 水稻復雜數量性狀的分子遺傳調控機理2012 國家自然科學獎二等獎 膠質細胞新功能的研究2010 國家科技進步獎二等獎真菌殺蟲劑產業化及森林害蟲持續控制技術2009資料來源： 項目承擔 根據2016年3月研究院官網顯示，上海生命科學研究院***爭取到國家與地方各類科研項目989項。其中973項目10項，重大科學研究計劃項目13項，國家重大專項項目59項，863課題165項，國家自然科學基金重點項目51項，重大研究計劃項目36項，創新群體9項，中科院創新重大項目7項，中科院重要方向性項目140項等。近三年到帳的科研項目經費達24.5億元。
2014年，上海生科院***有在研項目,800余,項，其中主持國家重點基礎研究發展計劃（973計劃含重大科學研究計劃） 項目26項、承擔課題41項，主持（或承擔） 中國高技術研究發展計劃（,863計劃） 課題5項，主持國家科技支撐計劃課題4項，主持（或承擔） 重大專項17項，主持國家自然科學基金創新研究群體科學基金7項，重點項目51項，面上項目225項，重大研究計劃項目39項，重大項目2項，主持中國科學院戰略性先導科技專項1項，承擔項目6項，科技服務網絡計劃項目2項，承擔國際合作項目56項，新增的253項各類項目合同經費達4.04億元。
2013年，上海生科院***有在研項目460余項，其中主持國家重點基礎研究發展計劃（973計劃含重大科學研究計劃） 項目26項、承擔課題57項，主持（或承擔） 中國高技術研究發展計劃（863計劃） 課題5項，主持國家科技支撐計劃課題4項，主持（或承擔） 重大專項44項，主持國家自然科學基金創新研究群體科學基金5項，重點項目48項，面上項目210 項，承擔國家自然科學基金重大研究計劃項目32項，承擔國家自然科學基金重大項目1項，主持中國科學院戰略性先導科技專項1項，承擔項目4項，重要方向項目13項，承擔國際合作項目51項，新增的230余項，各類項目合同經費52億元。 論文發表
2014年，上海生命科學研究院發表sci論文867篇（第壹署名單位論文386 篇），在cell、nature、science及其系列期刊等高水平雜誌上發表論文102篇（第壹署名單位論文58篇），申請專利114項，其中國際專利26項，專利授權70項，其中國際專利5項。
2013年，上海生命科學研究院發表sci論文864篇， 其中影響因子大於9分的52篇， 在《細胞》 （cell）、《自然》（nature）、《科學》 （science） 及其系列期刊上發表論文60篇，申請專利128項，其中國際專利28項，專利授權69 項，其中國際專利11項，通過與企業合作和成果轉化， 簽訂合同金額3152萬元，到賬金額2597萬元，其中技術轉讓和專利許可金額113 萬元。 論文發表情況 刊物2004年2005年2006年2007年2008年2009年Science111113Nature121 24Nature系列4751198Cell---4---1--- 2Cell 系列311433EMBO J--- 21---2---PNAS3889613Plant Cell164334合計133121292439資料來源： 《Cell Research》 《Cell Research 》（《細胞研究》）由中國科學院主管，中國科學院上海生命科學研究院生物化學與細胞生物學研究所與中國細胞生物學學會***同主辦，中國科學院上海生命科學信息中心/生命科學期刊社承辦，是壹家以全英文形式出版、編輯和發行原創性研究論文、學科綜述及快報的國際性學術月刊。 2013年7月30日，據美國湯森路透集團（Thomson Reuters）發布的最新期刊引證報告（2013版）顯示，Cell Research（《細胞研究》）影響因子提升至11.981，在SCI收錄的185種國際細胞生物學領域期刊中影響因子排名第13位，在同領域亞太地區學術期刊中排名第壹。 《Molecular Plant》 《Molecular Plant》（ 《分子植物》）主辦單位：中國科學院上海生命科學研究院植物生理生態研究所和中國植物生理與分子生物學學會，2013年度影響因子為6.605，處於q1水平，在sci收錄的196種國際植物科學領域期刊中影響因子排名第8，該雜誌在BIOCHEMISTRY & MOLECULAR BIOLOGY（分子生物學） 同類期刊中的影響因子排名第43位。 《Acta Biochimica etBiophysica Sinica》 《ActabiochimicaetbiophysicaSinica》（《生物化學與生物物理學報》）創刊於2004年，月刊，被PubMed收錄，被SCI收錄，其研究領域為: 生物化學、生物物理，主辦單位為中國科學院上海生命科學研究院和生物化學與細胞生物學研究所，2014年SCI影響因子：2.191。 《Journal of Molecular Cell Biology》 《Journal of Molecular Cell Biology》（ 《分子細胞生物學報》）主辦單位為中國科學院上海生命科學研究院、生物化學與細胞生物學研究所、中國細胞生物學學會，2014年SCI影響因子：6.771，2013年度影響因子為8.432， 處於q1水平。 《Neuroscience Bulletin》 《Neuroscience Bulletin》（ 《神經科學通報》）主辦單位為中國科學院上海生命科學研究院、中國神經科學學會、第二軍醫大學，2014年SCI影響因子：2.509。 《Cell Discovery》 《Cell Discovery》主辦單位為中國科學院上海生命科學研究院、中國科學院上海生命科學信息中心 、生物化學與細胞生物學研究所、中國細胞生物學學會。 《生理學報》 《生理學報》是由中國生理學會和中國科學院上海生命科學研究院主辦、科學出版社出版、中英文兼登的學術刊物，該刊為雙月刊，主要刊登生理學和相關生命科學的研究論文、研究快報、實驗技術及以本人研究工作為主的綜述。該刊的前身是《中國生理學雜誌》，於1927年創刊，是中國最早出版的生理學學術期刊。從1953年起，改名為《生理學報》。
《生理學報》被美國“Medline/PubMed”、“Biological Abstracts”、“Chemical Abstracts”、“Index Medicus”、 “BIOSIS Previews”、荷蘭“Excerpta Medica”、“Scopus”、波蘭“Index Copernicus”、“日本科技文獻速報”，“WHO西太平洋地區醫學索引”和“俄羅斯文摘”以及“中國科學引文數據庫”，中國期刊網等國內外檢索期刊或數據庫收錄，是中國自然科學核心期刊和生物類核心期刊。
《生理學報》在1999年榮獲國家期刊界最高獎項——首屆“國家期刊獎”；2000年獲中國科學院優秀科技期刊特別獎；2001年入選雙獎期刊“中國期刊方陣”。2003年榮獲第二屆“國家期刊獎”。2005年榮獲第三屆“國家期刊獎百種重點科技期刊”。2009年榮獲“新中國60年有影響力的期刊”稱號。2005~2012年多次入選“中國百種傑出學術期刊”和“中國精品科技期刊”行列。 《中國細胞生物學學報》 《中國細胞生物學學報》創刊於1979年，由中國科學院上海生命科學研究院生物化學與細胞生物學研究所和中國細胞生物學學會***同主辦，是國內外公開發行的專業性學術期刊。該刊是北大中文核心期刊、中國科技核心期刊，被中國科技論文與引文數據庫（CSTPC）、中國科學引文數據庫（CSCD）、中國生物學文摘、中國學術期刊文摘等收錄；國際上，被六大檢索系統之壹的美國化學文摘（CA）收錄。同時，該刊被列為中國科學院上海生命科學研究院研究生招生考試的參考書目之壹。 《植物生理學報》 《植物生理學報》經新聞出版總署批準，《植物生理學通訊》由2011年更名為《植物生理學報》，英文刊名為Plant Physiology Journal。期刊榮獲北京大學圖書館《中文核心期刊要目總覽》“植物學類”核心期刊；為中國科學技術信息研究所“中國科技核心期刊”和中科院文獻情報中心“中國科學引文數據庫來源期刊”；被CA、AJ和JI等收錄；入選2012年華東地區優秀期刊。2006～2012年連續7年被評為中國科協精品期刊。 《生命科學》 《生命科學》隸屬於中國科學院上海生命科學研究院。1988年創刊，原刊名為《生物學信息》內部發行；1992年起更名為《生命科學》，公開發行，CN31－1600/Q，大16開，96頁，是由國家自然科學基金委員會生物科學部、中國科學院前沿科學與教育局、中國科學院生命科學和醫學學部和中國科學院上海生命科學研究院***同主辦的全國性、公開發行的學術性、綜合類期刊。自2004年第1期起，被中國科學技術信息研究所“中國科技論文與引文數據庫”收錄，即被評為“中國科技核心期刊”。2008年被收錄為“中文核心期刊”。
《生命科學》榮獲第二屆上海市優秀科技期刊評比壹等獎。被“中國科技論文與引文數據庫”、“中國學術期刊（光盤版）”、“中國期刊網”、“中文科技期刊數據庫”、“中國科學引文數據庫”、“中國學術期刊綜合評價數據庫”、“中國生物學文獻數據庫”、“中國生物醫學文獻光盤數據庫”、“萬方數據數字化期刊群”和“臺灣華藝CEPS中文電子期刊服務”收錄。 《生命的化學》 《生命的化學》創刊於1980年，雙月刊，為中國科技核心期刊、中國期刊網來源刊、中文核心期刊（2004版、2008版），已被CA 化學文摘（美）（2011）、JST 日本科學技術振興機構數據庫（日）（2013）、CSCD中國科學引文數據庫來源期刊（2013-2014年度）等數據庫收錄。