獲獎概況 根據2016年3月研究所官網顯示，建所80年來，藥物所***獲得各類科研成果獎170余項，其中國家三大獎20項，全國科學大會獎等獎勵21項，省部級獎90項。 部分國家級獲獎 時間名稱獎項類別1982年4月 肌肉松弛藥氯甲左箭毒 國家技術發明獎 三等獎 1982年7月 嗎啡鎮痛作用部位及鎮痛機制的研究 國家自然科學獎 二等獎 1982年7月 中草藥活性成份的研究——十二種新有效成份的發現 國家自然科學獎 二等獎 1985年6月 鎮痛消炎藥3-乙酰烏頭堿 國家技術發明獎 三等獎 1985年6月 橡膠防老劑D致癌性的動物實驗研究 國家科學技術進步獎 三等獎 1987年12月 真性膽堿酯酶抑制劑新藥——石杉堿甲（福定堿） 國家技術發明獎 二等獎 1988年12月 抗瘧藥磷酸咯啶 國家技術發明獎 四等獎 1990/08/11 植物抗癌成份美登素的全合成研究 國家自然科學獎 三等獎 1991年11月 二巰基丁二酸 國家科學技術進步獎 二等獎 1991年12月 羥甲芬太尼——壹種新的高選擇性μ阿片受體激動劑 國家自然科學獎 二等獎 1991年12月 腦內多巴胺神經系統與四氫原小檗堿同類物的藥理作用關系 國家自然科學獎 三等獎 資料來源： 備註：詳細獲獎概況詳見： 論文發表 根據2016年3月研究所官網顯示，1998年以來，研究所累計發表論文3500余篇，其中SCI論文2811篇，2006年以來，影響因子大於3的累計660篇。發表的SCI論文和引用率連續七年保持全國科研機構前15名，位列全國藥學院校和科研機構首位。
2014年，上海藥物所全年***發表sci論文540篇，影響因子（if） 總數2310.889，總被引頻次691次，（其中通訊作者272篇，影響因子總數1167.62，總被引頻次294次），平均影響因子4.279，篇均被引頻次1.28次/ 篇，影響因子5，以上的論文121篇、3以上的論文已達317篇，在GPCR、化學蛋白質組學研究、分析動力學模擬、新型結構、新技術研究方面取得重要突破，首次解析P2Y12與激動劑和拮抗劑復合物的晶體結構，為新型抗血栓藥物的研發提供了重要基礎，兩篇論文於2014年5月1日同期在Nature刊出後即被新華社、路透社等國內外媒體報道。 項目承擔 2014年，上海藥物研究所***有在研項目425項，其中承擔國家重大科技專項課題44項，主持（或承擔） 國家重點基礎研究發展計劃（973計劃） 和國家重大科學研究計劃項目15項、承擔（ 或參加） 課題8項，主持（或承擔） 國家高技術研究發展計劃（863計劃） 項目5項，主持（或承擔） 國家自然科學基金重點項目6項、面上項目73項、國家傑出青年科學基金項目8項、國家自然科學基金重大研究計劃重點項目2項，主持（或承擔） 中國科學院戰略性先導科技專項課題1項，主持（或承擔） 院重點部署項目2項，承擔重點國際合作項目2項。 專利及其他 2014年，上海藥物所***申請專利98項，***獲專利授權40項，其中有國內專利33項，國外專利7項，獲商標註冊1項。 《Acta pharmacologica Sinica》 《Acta pharmacologica Sinica》（《中國藥理學報》）創刊於2000年，月刊， 目前被PubMed收錄， 被SCI收錄，其研究領域為：藥理學。是中國藥理學及藥學領域唯壹被收錄至科學引文索引（SCI） 的學術期刊，其影響因子（if） 為2.468。 《Asian Journal of Andrology》 《Asian Journal of Andrology》（《亞洲男科學雜誌》）創刊年於1999年，是中國重要的洲際學會國際性會刊，影響因子為2.530，在國際男科學領域期刊排名第三，在國內臨床醫學領域SCI期刊榜排名第壹。
此外，研究所還主辦科普雜誌《家庭用藥》。