仲建華作為軌道交通技術專家和重慶市軌道交通建設主要帶頭人之壹，全程參與並主持了重慶軌道交通規劃、設計、建設和開通運營各項技術、質量、安全工作。他組織國內外專家進行反復的技術論證，選擇了在國外成功運行40多年的跨座式單軌交通系統，並對該項技術進行研究和消化，成功建設了國內第壹條跨座式單軌交通線路——重慶軌道交通2號線。重慶軌道交通2號線先後榮獲了“詹天佑土木工程大獎”、“國家環境友好工程”、“中華人民***和國國家質量獎”、“國家工程優質銀質獎”、“國家十大建設科技成就獎”等12項國家級大獎。
在單軌技術國產化和產業化工作中，仲建華帶領單軌系統集成技術、軌道梁橋等五個研發團隊，勇於創新、大膽探索，實現了單軌技術多項零的突破，為軌道交通自主創新做出了突出貢獻。他擔任技術負責人，組織調研、群體研究編制完成了包括車輛、支座、道岔、架橋機、PC梁等眾多專業近百萬字的《重慶市輕軌較新線工程設備國產化研究報告》。重慶掌握了PC軌道梁系統、道岔系統、車輛轉向架系統等“三大關鍵技術”，攻克了PC軌道梁模具的國產化、PC軌道梁的施工測量及安裝、架橋機的研制、道岔機電控制系統技術以及車輛轉向架系統的國產化等“五大技術難題”。
仲建華主持並參與了國家部委及重慶市項目30余項，獲得科研獎勵20余項。在其組織、設計、實施項目中，跨坐式單軌技術取得了四項國家專利——跨坐單軌道岔的梁間連接裝置（專利號：ZL200520033027.7）、跨坐式單軌道岔的道岔驅動裝置（專利號：ZL200520033028.1）、跨坐式單軌道岔的位置鎖定裝置（專利號：ZL200520033029.6）、跨坐式單軌車輛限界檢查小車（專利號：ZL200420060089.2），以上專利技術均代表著國內該領域的最高技術水平。