信息科學與工程學院目前有計算機科學與技術、軟件工程2個壹級學科碩士點。 2006年學院獲得計算機應用技術二級學科碩士點，2007年開始招收計算機應用技術碩士研究生，2010年學院獲得計算機科學與技術壹級學科碩士授予點。本學科致力於計算機科學與信息技術的理論、方法、技術研究及應用系統研發，力爭在交通物聯網及智能（雲）終端、交通工程軟件平臺及雲計算技術、交通設施智能檢測與評估技術、交通視頻及圖像處理技術、交通信息智能處理與控制等研究方向上實現突破，形成具有鮮明交通信息化的計算機科學與技術學科特色。主要研究方向為交通物聯網及智能（雲）終端、交通工程軟件與理論、智能檢測技術及應用、計算機視覺與交通圖像處理、交通智能信息處理與控制等。
本學科現有碩士研究生導師37人，其中正高職稱20人，副高職稱17人，已形成壹支專業範圍涵蓋計算機科學與技術、電子工程、通信工程、控制科學與工程、交通信息工程與控制等多學科交叉，結構合理、科研能力強的學術梯隊。近五年來，本學科組成員主持或參與國家973前期計劃、國家自然科學基金、交通部重大科研項目、重慶市科技攻關計劃及大型橫向課題***67項，經費近2000萬元；發表學術論文500余篇（三大檢索收錄182篇），出版專著6部；獲國家專利40多項（其中發明專利20多項）、軟件著作權3項、省部級及以上科技獎勵近20項、省部級教學成果獎2項；科研成果已在重慶、雲貴川、西藏等省市的多項交通工程中實際應用，實現直接和間接經濟效益超過1億元。 2011年學院獲得軟件工程壹級學科碩士授予點，2013年開始招收軟件工程碩士研究生。本學科致力於面向交通信息化、智能化的軟件理論與技術、信息智能處理與可視化領域的研究和系統開發，主要研究方向為交通工程軟件系統與理論、交通信息智能處理、計算科學、交通圖像處理與信息可視化。
本學科現有碩士研究生導師8人，其中正高職稱3人，副高職稱5人。本學科與計算機科學與技術壹級學科互為增益，主要依托軟件中心、通信實驗室、電子實驗室，並充分利用數理學院小型機設備、重慶市交通運輸工程重點實驗室、重慶市山區橋梁與隧道工程重點實驗室、山區道路建設與維護技術教育部工程研究中心、重慶市航運工程技術研究中心、重慶高校水工建築物健康診斷技術與設備工程研究中心、重慶市特種船舶數字化設計與制造工程技術研究中心及圖書館藏資源開展學術及教學活動，並與英國威爾士愛博瑞斯維斯大學、澳大利亞MRC公司、英國貿易和工業部、香港大學等國內外機構存在著廣泛的學術交流，不斷推動學科發展。