第壹，兩者的保護範圍不同。專利的客體只能是完整的、能夠在產業中應用的技術方案，對於未完成的技術方案或者失敗的技術方案，不能申請專利，但這些都屬於商業秘密的範疇。第二，兩者的實質要件不同。專利的實質要件要求很高，而技術信息要獲得商業秘密的保護，只要它符合秘密性、保密性和價值性就可以了，這種要求相對來說比專利的要求低。第三，兩者受保護的成本不同。1.兩者的經濟成本不同。專利是由當事人申請並經國家授權才獲得的權利，當事人需要繳納專利申請費和專利維持年費，而商業秘密無需向國家繳納任何費用。2.在時間成本上，專利申請需要經過相當長的時間，而商業秘密則不需要花費很長的時間。3.在技術成本上，專利人必須公開其技術，而且達到所屬領域的技術人員能夠實現為準，而商業秘密權利人不公開其技術。第四，兩者受保護的力度不同。1.專利保護是壹種強保護，專利人就其發明創造享有排他性的制造、使用、銷售、許諾銷售和進口的權利，而不論他人是模仿或獨立開發了相同的發明創造；商業秘密則是壹種弱保護，權利人只能禁止他人違背保密義務或以其他不正當手段獲得、披露和使用有關的商業秘密信息。而不能禁止他人通過合法渠道取得和使用有關的秘密信息。2.商業秘密權和專利權收到侵害時，權利人的取證責任不同，專利的保護範圍是確定的，而商業秘密則需要由權利人自己舉證。3.兩者的保護期限是不同：專利的保護是有期限限制的，而商業秘密權沒有時間限制，只要該信息仍然具備商業秘密的實質要件，都可以作為商業秘密而受到保護。
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