科學家發明轉基因技術的初衷是用它來造福人類，不僅可以加快農作物和牲畜品種的改良，提高人類食物的質量，還可以生產出珍貴的藥用蛋白質，給患者帶來福音。比如抗蟲轉基因玉米不會被蟲咬，可以讓人放心食用；通過將可以產生人類疫苗的基因轉移到植物性食物中，人們可以在食用食物的同時增加對疾病的抵抗力。
但是，人類對自然的幹預會不會造成潛在的、不可預知的危險呢？大量轉基因生物會破壞生物多樣性嗎？轉基因產品會對人體健康造成危害嗎？壹些科學家開始擔心生物和植物生命的“任意修改”，創造的新遺傳基因和生物可能會傷害人類。它們可能會對生態環境造成新的汙染，即所謂的基因汙染，而這種新的汙染源是很難被消除的。此外，轉基因作物和用這種原料制成的轉基因食品對人體的影響尚未確定。
目前，國內外學者對轉基因技術的負面效應也做了大量研究，出現了許多相關報道。比如英國權威科學雜誌《自然》發表了美國康奈爾大學副教授約翰·羅西的論文，震驚世界。論文指出，研究人員在實驗室中將抗蟲轉基因玉米“BT玉米”的花粉撒在菊苣的葉子上，然後讓蝴蝶幼蟲吃掉這些葉子。四天後，44%的幼蟲死亡，存活的幼蟲更小，沒有生命。然而，另壹組幼蟲在吃灑有普通玉米花粉的葉子時，並沒有出現高死亡率或發育遲緩。基於此，論文得出結論:轉BT基因玉米的花粉含有毒素。另據報道，英國倫理與毒性中心的實驗報告稱，與普通大豆相比，抗除草劑轉基因大豆中抗癌成分異黃酮減少。與普通大豆相比，兩種轉基因大豆中異黃酮含量降低了12% ~ 14%，並出現了巴西堅果事件。
面對國際上關於轉基因作物的種種爭議，許多科學家和學術團體都以各種形式表達了對轉基因技術的支持。《科學家支持農業生物技術的聲明》由美國塔斯基吉大學教授普拉卡什於5438年6月+2000年10月撰寫，收集了全球3000多名科學家的簽名，其中包括DNA雙螺旋結構的發現者、諾貝爾獎獲得者詹姆斯·沃森。綠色革命創始人、諾貝爾獎獲得者諾曼·博洛格(Norman Borlaug)，世界糧食獎獲得者、國際水稻研究所首席育種家古德夫·庫什(Gurdev Khush)。“負責任的植物基因改造既不新鮮也不危險，”聲明說。通過有性雜交和細胞培養，許多性狀，如抗病蟲害，已被頻繁地引入作物。與傳統方法相比，通過重組DNA技術引入新的或不同的基因並不壹定有新的或更大的風險，商業化產品的安全性也因現行的安全管理規則而得到進壹步保障。新的基因技術為作物改良提供了更大的靈活性和準確性。“像任何現代工業技術壹樣，轉基因技術也有兩面性，既有優點也有缺點。在發展轉基因技術等生物技術時，要揚長避短，趨利避害，規範管理，使轉基因技術健康發展。