從科學機理看，抗蟲轉基因水稻中的Bt蛋白是壹種高度專壹的殺蟲蛋白，只能與特定種類的害蟲腸道上皮細胞的特異性受體結合，破壞害蟲腸道，造成害蟲死亡，人類的腸道細胞是沒有該蛋白的結合位點的，因此不會對人體造成傷害。同時，在主要的營養成分、微量元素含量以及抗營養因子和安全性方面，轉基因水稻和普通水稻是沒有差別的，都可以放心食用。
轉基因水稻，是指通過轉基因技術將不同品種水稻或近緣物種的抗蟲基因、抗病基因等導入某種水稻基因組內培育出的水稻品種。如：BT63轉基因抗蟲水稻等。
轉基因水稻的研究開始於20世紀後期。至21世紀初期，學術界對轉基因水稻研究的必要性及商業化壹直存在爭議。
a.轉基因技術帶來的非預期變化
用於創造轉基因植物的技術既不精確也不準確。在轉基因操作過程當中，多個拷貝的外源基因或基因片斷經常隨機地插入作物原有的基因當中，以及造成原有基因的缺失或重排。這些情況可能導致的非有意和非預期後果包括：
破壞作物的原有基因及它們的正常功能，有可能導致產生不可預料的有毒或反營養物質；
增加或減少作物原本的毒素或致敏蛋白的表達量；
如果多拷貝同時存在時可能發生基因沈默。
因此，對轉基因稻米的安全評估必須包括到可能的非有意和非預期後果。
b.致敏性，毒性和營養價值
轉入基因的表達產物是否有毒性或致敏性，在對轉基因食品的安全評估中需要非常仔細。很多人每天會進食大量的大米，因此食品安全評估壹定要進行得非常嚴格，對轉入的基因成分及其蛋白產物的最終去向要進行深入的研究。這就要求對基因及其蛋白產物在烹飪過程中的降解情況，以及它們在人體消化道中的活性表現進行評估。
對於Bt毒蛋白基因和豇豆胰蛋白酶抑制劑基因，還會有特別的健康問題顧慮，因此需要全面地進行分析。
如果抗抗生素的基因被用作基因標記物，那麽透過基因轉移至微生物而導致抗生素療法失效的可能性就應成為在風險評估中的壹個內容。