根據上述職責，市科技局（市知識產權局）設13個內設機構：
（壹）辦公室。負責工作目標、文電、會務、機要、檔案等機關日常運轉工作；承擔信息、安全、保密、信訪、政務公開、後勤等工作；負責科技宣傳工作；負責辦理人大代表建議和政協委員提案。
（三）發展計劃處。負責編制全市科技中長期發展規劃、年度工作計劃和項目指南；提出市級科技經費配置建議；負責組織各類科技計劃項目立項評估、監理、驗收；會同有關部門推進科技重大專項的實施；牽頭推進全市產學研創新工作，擬訂促進產學研結合的政策措施；負責各類科技創新基地的政策指導和規劃；編制全市高新技術產業和技術目錄；負責科技統計工作。
（四）科技投融資與財務處。牽頭推進科技投融資工作，擬訂全市科技投融資政策並組織實施；擬訂科技財務的管理辦法；編制市本級科技應用技術與開發資金、科學事業費及其他科技專項經費的預、決算並監督管理其使用情況；組織全市重大科技項目的預算評估；負責科技資金使用績效評估；負責局機關的財務管理工作，監督局直屬單位的財務工作；負責局機關和直屬單位的固定資產管理工作。
（五）高新技術發展及產業化處。擬訂全市高新技術發展和產業化規劃及政策措施並組織實施；牽頭組織實施高新技術領域科技計劃項目；推進高新技術產業技術發展及成果轉化；指導高新技術領域科技創新基地和創新服務載體建設工作。
（六）農村科技處。擬訂全市農村科技發展規劃及科技促進統籌城鄉社會經濟發展的政策措施並組織實施；牽頭組織實施農業領域科技計劃項目；推進農業領域的科技發展及成果轉化；指導農業領域科技資源布局、科技創新基地和創新服務載體建設；指導農業科技示範、科技扶貧等有關工作；指導區（市）縣科技工作。
（七）社會發展與科技普及處。擬訂全市社會發展領域科技規劃和政策措施並組織實施；牽頭組織實施社會發展領域科技計劃項目；推進人口、醫療衛生、資源、環境等社會發展領域和現代服務業的科技發展及成果轉化；指導社會發展領域科技創新基地和創新服務載體建設；指導可持續發展綜合試驗區的工作；擬訂科普工作規劃，牽頭協調全市科普工作；承擔市科普工作聯席會議辦公室的日常工作。
（八）市場與科技成果處。擬訂科技成果推廣、科技獎勵、促進技術市場發展的政策措施並組織實施；負責全市科技成果、科技獎勵、科技保密工作；牽頭協調重大科技會展和組織實施大中型技術交易活動；負責科技創新平臺建設；指導科技成果的評價、鑒定和技術市場、科技中介組織建設。
（九）生物醫藥科技發展處（掛國際科技合作處牌子）。牽頭擬訂生物醫藥技術領域科技發展規劃和政策措施並組織實施；負責推進生物醫藥領域科技成果轉化及產業化工作；指導生物醫藥領域科技創新基地和創新服務載體建設；組織擬訂全市對外科技交流與合作的政策措施；組織開展對外和對港澳臺地區的科技交流與合作。
（十）知識產權管理處。牽頭擬訂全市知識產權發展戰略及有關政策措施，編制全市專利工作發展規劃和年度工作計劃並組織實施；負責全市專利統計工作；指導企事業單位的知識產權工作，促進專利的創造、運用、管理和重大專利技術轉化實施；指導和促進全市專利資助、專利交易、專利代理、專利信息服務等工作；負責全市知識產權人才培訓和宣傳工作；承擔市知識產權辦公會議辦公室的日常工作。
（十壹）知識產權保護處（掛行政審批處牌子）。負責起草全市知識產權保護的有關地方性法規、規章草案；擬訂全市專利行政執法有關規劃和年度工作計劃並組織實施；負責處理全市專利侵權糾紛，查處假冒專利行為，調解專利糾紛；負責協調全市涉外知識產權保護事宜；負責協調相關部門開展重點領域、重點產業、重大專項以及重大經濟活動中的知識產權保護和審查工作；指導知識產權維權援助工作；承辦市政府公布的有關行政審批事項。
（十二）紀檢監察處。負責局機關及直屬單位的紀檢監察和內部審計工作。
（十三）人事處。負責局機關及直屬單位的人事管理、隊伍建設、機構編制等工作；負責局機關離退休人員管理工作，指導局直屬單位的離退休人員管理工作。
機關黨的組織按照黨章和市委有關規定設置。 成都市科學技術發展研究中心（成都市科技局軟科學處）
成都市科學技術顧問團辦公室
四川（成都）兩院院士咨詢服務中心（成都市科技評估中心）
成都市科技評估中心
成都科學技術服務中心
成都市科學技術情報研究所
成都生產力促進中心（成都市科技風險開發事業中心、成都市國際科技交流中心、成都市創業投資服務中心）
成都高新技術創業服務中心
成都市知識產權服務中心 （壹）市科技局（市知識產權局）機關配備行政編制48名，其中：局長1名、副局長3名，機關黨委書記按市委規定配備；正處級領導職數13名，副處級領導職數9名。
（二）單列管理軍隊轉業幹部行政編制1名。
（三）機關後勤服務人員統壹按成委發〔2010〕17號文的相關規定聘用和管理。 本規定由中***成都市委機構編制委員會辦公室負責解釋，其調整由中***成都市委機構編制委員會辦公室按規定程序辦理。