(壹)貫徹執行出入境衛生檢疫、動植物檢疫、進出口商品檢驗等法律法規和政策規定的細則、辦法和工作程序，負責本行政區域內的出入境檢驗檢疫、鑒定、監督管理等行政執法工作。
二負責出入境衛生檢疫、傳染病監測和衛生監督，負責口岸傳染病防治工作，
負責出入境人員的預防接種和傳染病監測、體檢的管理。
三負責出入境動植物、動植物產品和其他檢疫物的檢驗檢疫和監督管理，
負責動植物疫情的監測和調查，落實動植物疫情應急預防措施。
(四)負責進出口商品(包括食品)的法定檢驗和監督管理。
負責實施出口危險貨物的普通包裝和包裝檢驗，負責進出口商品標識管理。
負責外商投資財產的鑒定和進出口商品的復驗。
五負責進出口食品、動植物及其產品的生產(養殖、種植)、加工、儲存的衛生檢疫登記，
負責實施進出口安全質量許可和出口質量許可，負責實施進出口產品和實驗室認可、人員註冊等工作，並進行監督管理。
(六)負責實施國家進口許可證制度的民用物品入境核銷，負責出口和轉口貨物出境核銷。
七負責進出境運輸工具和集裝箱的衛生監督、檢疫監督及相關的適航檢查和鑒定，
負責出入境交通工具、容器、包裝物、鋪墊材料和物品的衛生消毒管理。
(八)負責實施國家、國務院有關部門和國家出入境檢驗檢疫局簽訂的有關檢疫、檢驗的國際協定、協議和議定書，
負責技術性貿易壁壘協議和檢疫協議的實施。
九負責出入境檢驗檢疫證書的簽發、標識和封識，並實施監督管理，
負責出口商品普惠制原產地證和普通原產地證的簽證工作。
(十)負責出入境檢驗檢疫統計，調查和收集國外傳染病、動植物疫情和國際貿易貨物質量情況，並提供相關信息。
(十壹)負責對各類涉外檢驗檢疫、鑒定認證機構(包括中外合資、合作機構)和衛生檢疫處理機構的監督管理。
(十二)承辦上級出入境檢驗檢疫局交辦的其他工作。
擴展數據1998為了改變“三檢”系統多、機構多、職能交叉、效率低下的現狀，更好地適應改革開放形勢和外經貿發展的需要。經國務院批準，對原檢驗檢疫管理體制進行改革，將原國家進出口商品檢驗局、衛生部衛生檢疫局、農業部動植物檢疫局合並，組建中華人民共和國國家出入境檢驗檢疫局。直屬檢驗檢疫局及其分支機構也在1999完成了改革。
2001年4月30日為進壹步完善社會主義市場經濟，適應我國加入世貿組織的精神，國務院決定將國家質量技術監督局和國家出入境檢驗檢疫局合並，組建中華人民共和國質量監督檢驗檢疫總局，出入境檢驗檢疫行業終於迎來了快速發展的大好歷史機遇。
參考資料:
百度百科出入境檢驗檢疫局