首先，要把創新方法論與科學研究方法論和科學發現方法論加以區別。
創新是指：以現有的知識和物質，在特定的環境中，改進或創造新的事物（包括但不限於各種方法、元素、路徑、環境等等），並能獲得壹定有益效果的行為。 按照“創新”的定義，“創新不是科學或技術，而是價值……。創新不只是發生於組織之間的某種事，而是組織以外的壹種變革。創新應以它對環境的影響來衡量。因此，壹個工商企業中的創新始終必須以市場為中心，如果創新以產品為中心，很可能產生壹些‘技術上的奇跡’，而報酬卻另人失望。”（這相當於將技術發明專利束之高閣，實現不了市場價值，這也就說不上是創新。所以，創新不是以科學中的發現或技術上的發明作為其標準，而是以實現市場價值為其判別標準。
這中間特別要註意的是在發現或發明的成果與這些成果轉化為新產品、新服務之間存在著壹個巨大的差別，而恰恰是後者才能稱作真正意義上的創新。它要求付出的勞動以及所花的代價比前者（即發現、發明）要大得多，困難得多。《科學時報》2002年8月14日有壹篇題為《從企業為主體促進專利技術產業化》文章中說：“據統計預測，浙江省專利技術和產品的實效率以40%，其中寧波、溫州、臺州、紹興等市高達50%以上這是該省把專利工作作為事關全省發展全局特別是技術創新大局的基礎性、綜合性工作來抓的結果。”（如果把專利的發明與使專利技術產業化的創新兩者混淆起來，在實踐中就有很大的危害性，人們誤以外有了發明就有了創新，其實相比之下後者要難得多。如果認識不到在壹點，那麽技術發明的轉化率低下是必然的。
矽谷之所以是創新的搖籃，是創新和創業精神的棲息地，就是因為它“不僅僅局限在取得的科學進步或技術的突破上。”“矽谷與眾不同的不是這裏發明的技術，而是把這些技術進行開發、利用並將其推向市場的在當地創建的企業。換句話說，矽谷的故事是企業尤其是創新企業（Start-Ups）進行技術開發與市場應用的歷史。”
由上可見，創新與發現、發明並不是壹回事，它們的成本和代價也都是不同的。正如德魯克所指出的：“作為壹種經驗規律，如果把產生壹種新思想上花費壹美元。則在對之進行研究以便把它轉化為壹種新發現或新發明，就必須花費十美元。在‘研究’上每用十美元，在‘發展’（‘開發’）上至少要花費壹百美元。在‘發展’（‘開發’）上花費壹百美元，則在市場上引進和建立壹種新產品或壹個新企業就需要花費壹千或壹萬美元。而只有在市場上建立了壹種新產品或壹種新企業之後，才能說已有了壹種‘創新’。”
美國哈佛商學院教授，著名創新研究專家肯特（Rosabeth Moss Kanter）指出，“創新首先是人們能夠迅速地了解壹種市場需求。”“幾十年的產品研究表明，使用者是刺激創新的第壹要素……領導技術發展的公司現在意識到，他們必需創造壹種新的商業概念而不簡單的只是優秀的技術。”《第五項修煉》壹書的作者彼得·聖吉說：“當壹個新的構想在實驗室被證實可行的時候，工程師稱之為‘發明’(lnvention),而只有當它能夠以適當的規模和切合實際的成本，穩定地加以重復生產的時候，這個構想才成為壹項‘創新 ’(innovation)”
所以，創新與發現、發明不是壹回事，因此，它們的方法論自然也是不同的。 其次，創新具有巨大的不確定性與風險。
科學發現或技術發明也有不確定性，其結果並不能事先預測或保證壹定成功，在這種意義上發現與發明也有風險。但這種風險與創新的不確定性與風險無法比擬，後者的風險要大得多。著名創新研究專家，美國斯坦福大學經濟學教授羅森伯格（Nathan Rosenberg）在談到創新的不確定性與風險時，特別強調了“創新的嘗試大多數情況下以失敗告終，”並指出了財務風險的九大形式。
由於創新的不確定性因素非常之多，失敗的可能性就很大，“即使是在能夠正確預測當代95%的技術後果的3M公司裏，也承認其50%的非相關產品或世界首創型創新都失敗了。吉列(Gillette)公司每三個上市產品中只有壹個能取得市場成功，而這三個產品是從100項前期技術研究中得到的。”可見，創新的風險是很大的。而且創新的不確定性和風險與創新主體的期望值成正比，即期望值越高、規模越大，風險就越大。德魯克說，“絕大多數創新思想不會產生有意義的結果。創新思想正好像青蛙蛋壹樣，孵化1000個只能成熟壹兩個。因此，創新性組織中的經理人員要求那些具有創新思想的人員仔細思考壹下，為了把創新思想變成壹種產品、壹種生產程序、壹項業務或壹種工藝技術，需要做些什麽工作。”德魯克這裏所說的創新是通常意義上的創新，他要求人們重視並探究創新過程。
撰寫《創新之戰》壹書的作者馮·布朗在談到人們關於公司創新過程的討論時說：“這壹討論表明盡管本世紀已積累了豐富的創新經驗，但是將新產品成功地引入市場仍要冒很大的風險。既不能清楚的知道如何最好地開發新產品，也不能事先確定壹種創新活動最終是否能取得成功。”
毫無疑問，如前面所指出的發現和發明也都有風險，都要付出代價，但比起創新活動來，風險會小得多。因為創新還必須與市場相聯系，而市場的風險比起實驗室內的發現、發明可能遇到的風險要大得多。 從上面的論述中可以知道，原初意義上的創新是連接科技與經濟的橋梁，是科技轉化為生產力的根本途徑。所以，要強調指出創新大於科技，創新也不是單純的經濟，而是科技長入經濟，這才是創新。舉壹個科技創新史上的例子。19世紀70年代，德國化學家李比希（Justus Von Liebig）提出了農作物生長的三要素（氮、磷、鉀）理論（這是發現），1909年德國化學家哈伯(Fritz Haber)首次用空氣中的氮和氫合成氨（這是發明）。哈伯的發明不久被德國巴登苯胺純堿公司所接受與采納，但從發明到生產出產品，其間經歷了無數次的試驗，單就為了獲得較理想的催化劑就經歷兩萬多次試驗，到1913年第壹個合成氨工廠才建成投產。這個過程就是創新過程，發現、發明，只是這個過程中的壹部分。當然，這裏決不意味著輕視發現、發明的重大意義，沒有發現、發明、創新就成了無根之樹、無源之水了。可以用下式來表達這個創新過程：
R&D→P&S→M→V
·P&D 即研究與開發，亦即科學技術過程；
·P&S 新產品與新服務
·M代表 市場
·V 代表價值
這是壹個創新過程，研究這壹過程是否有邏輯推理程序，是否有模式或方法，這就是創新方法論。不過，下面很快就會發現，這個公式是早期創新的線性程序，現在已遠比這個程序復雜得多了。