1，作為軟件重點保護的基礎。
《國務院關於鼓勵軟件產業和集成電路產業發展若幹政策的通知》第三十二條規定:“國務院著作權行政管理部門應當規範和加強軟件著作權登記制度，鼓勵軟件著作權登記，對登記的軟件依照國家法律給予優先保護。”
2、作為稅收優惠的基礎。
根據《國務院關於鼓勵軟件產業和集成電路產業發展若幹政策的通知》和中華人民共和國財政部、國家稅務總局相關文件，國家將對註冊軟件予以優先保護，並享受稅收、知識產權、融資、進出口、人才吸引等方面的壹些優惠政策。
3、作為技術投資。
《關於高新技術成果入股若幹問題的規定》規定，計算機軟件可以作為高新技術入股，定價比例可以超過《公司法》中20%至35%的限制。現在有的地方甚至規定軟件可以以技術作為出資100%定價。但是壹般要求軟件著作權要登記。
4、作為申請科技成果的依據。
科技部《關於印發〈科技成果登記辦法〉的通知》第八條規定:“登記科技成果，應當提交科技成果登記表和下列材料: (壹)應用技術成果:相關評價證明(鑒定證書或鑒定報告、科技項目驗收報告、行業準入證明、新產品證明等。)和發展報告；或者知識產權證書(專利證書、植物品種權證書、軟件登記證書等。)和用戶證書。”這裏的登記可以理解為著作權的登記，其他部委也有類似的規定。以軟件申請技術成果的，應當提交軟件登記證書。
此外，軟件著作權登記還有更大的現實意義，即享有軟件著作權認證的作用。軟件由壹系列被稱為源代碼的代碼組成，這些代碼可以被無限復制。軟件著作權保護源代碼，壹般認為誰持有源代碼，誰就是著作權人。因為源代碼是可以復制的，不像復制紙質資料要區分原件和復印件。如果源代碼不保密，就很難區分著作權人。如果我們盡早進行著作權登記，取得軟件著作權登記證書，這就是最初的權利證明。在發生軟件著作權糾紛時，軟件著作權登記證書是主張軟件權利的有力武器，也是向人民法院提起訴訟，請求司法保護的最佳證據。但對方要證明軟件著作權登記證書不是真正的軟件著作權人，難度相當大。在進行軟件著作權貿易時，軟件著作權登記證書作為權利證明，也有利於交易的順利完成。
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