在國內同類學科中，本方向目前在蛋白質的分離、純化和表征以及規模化制備和生產方面具有的明顯的優勢；但與頂尖的蛋白質研究機構相比，基礎理論方面的研究有待加強。
2. 藥物生物技術方向：本研究方向的特點是結合醫藥發展需求，進行關鍵的生化產品和生化過程的本征動力學和宏觀過程動力學的研究，進行相關生化產品的分離純化，進而實現工程放大和過程優化。本研究方向包括：微生物反應過程優化、新型生物反應器的研制和相關生物化工新產品的分離純化等。
（1）微生物過程特性及優化研究
本方向主要從事微生物反應的本征動力學和過程動力學研究，並進行生物反應過程的優化和相關反應器的優化設計和優化控制，從而實現目標生化反應過程的高效運行。
（2）新型環境生物反應器研究
針對高濃度有機廢水和低濃度生活汙水的厭氧生物降解過程，重點研究厭氧生物反應器特性，分別從工程角度和微生物角度探討生物反應器優化控制措施，並開發實用的相關廢水生物治理技術。
（3）生化分離新技術
生化分離工程在生物技術中占有重要地位。本方向主要根據生化反應產物的特性，研究生化分離新技術與新工藝。重點是膜分離、層析分離、離子交換分離、超臨界流體萃取過程。
（4）在本方向研究中，由洪文榮教授帶頭的藥物基因組學研究聚焦於制藥微生物的菌種篩選、菌種改良、微生物藥物基因組學、抗性基因克隆、抗生素生物合成基因簇克隆、基因敲除、基因阻斷、基因替換、細胞工程育種、次級代謝產物代謝網絡調控與發酵工藝最佳化，抗生素分離提取與精制及抗生素產業化研究等。其中妥布黴素生產菌經過品質改良和優化，已實現產業化，其技術指標達到國內領先水平。不同遺傳性狀的西索黴素產生菌--依紐小單孢菌的基因簇克隆已取得突破，已申請專利並獲得省科技進步三等獎，填補了國內在這壹研究領域的空白。其它研究品種有卡那黴素、慶大黴素、妥布黴素、小諾黴素、西索米星、核糖黴素、金黴素、土黴素、四環素、利福黴素、紅黴素、環孢菌素A、頭孢菌素類、克拉維酸、萬古黴素和環孢菌素A等。其生產技術指標大部分已高於工業化水平。
3.食品生物化學方向：在堅實的生物化學的理科基礎上，開展對於傳統食品的研究。具體而言，目前的研究方向包括1.食品分析方法研究2.蛋白類傳統食品研究3.發酵類傳統食品研究。引入最新的分析手段，是傳統食品研究實現突破的前提。本學科開發的色譜、毛細管電泳分析食品的組分及功能的新方法，有效地揭示了傳統食品的組分和機理，體現了本學科研究工作的深入性和手段上的優勢。在普遍的模仿跟蹤國際現成食品科技的風潮中，本學科堅持開展對於中國傳統食品的研究，視之為建造中國食品工業核心競爭力的神聖職責，視之為本學科自立於國際食品科技之林的根基。
本方向對黃酒、福州肉燕、豆腐乳以及中國水果涼熱性的生化依據等項目開展了研究，從分子水平上為人們認識這些重要傳統食品提供了嶄新的視角，為相關食品的產業化和國際化奠定了基礎。這些工作開始得到國內和國際食品工業界的支持，出現產學合作的嶄新局面，正在進入成果紛呈的豐收季節。
本方向的另壹鮮明特色是，具有學術界所罕見的成功的創業經歷，具有較強的產業化能力，與食品工業界的溝通有天然的優勢，實現了與國內乃至國際食品企業的高層次技術合作和交流。目前已與聖農集團、蠟筆小新、福馬集團等三家福建省主要食品企業分別組建***同研發機構；雀巢、達能、愛芬、日本味之素等公司的合作研究已經開始。本學科正在成為推動我省食品產業發展的技術動力源。
本學科比較突出的薄弱之處在於爭取政府資源支持學科開展的具有前瞻性的研究方面的溝通能力不足。
4．應用生態學方向：
（1）開拓壹種全新的海水魚內陸養殖技術，已經在南美白對蝦和石斑魚的養殖中獲得成功，目前正在想內地推廣。這種技術既可以避免海區多變而惡劣的氣候造成潛在的風險，又可以充分利用土地資源，人為隨意改善生態條件，縮短生長周期，降低生產成本。
（2）淡水魚生態養殖新技術，已經在甲魚、羅非魚養殖中獲得成功，甲魚養殖已經推廣到福建、浙江、廣東、江西、海南等省，獲得極大的經濟和社會效益，學術帶頭人袁崇桂副教授被養殖戶稱為"甲魚博士"。