1、栽種抗耐病品種
這是防治煙草病毒病既經濟、又有效的根本途徑。抗TMV病品種有：遼煙8號、遼煙10號和遼煙12號；臺煙5號、臺煙6號，引進的白肋21、柯克86；遼煙15號、延邊9205、中國農業科學院煙草研究所的CV09-2等。近幾年方榮祥等轉育的抗TMV的NC89純合品系，在黑龍江、利川等煙區試驗，表現了極強的抗病性。抗CMV的品種有：TT6、TT7系列烤煙品種，NC89、K326、G140均表現壹定的抗性，雙抗（抗CMV和TMV）的轉基因NC89純合系已經獲得，並大面積試驗，表現出較好的抗病性。抗馬鈴薯Y病毒病的品種，NC89和K326抗PVY能力很強，正在進入田間試驗。
2、選用無病株上的種子
從無病株上采種，單收、單藏，並進行細致汰選，防止混入病株殘屑。
3、加強苗床管理
培育無病壯苗。首先要註意苗床選地，苗床要盡可能遠離菜地、烤房、晾棚等場所。其次床土及肥料不可混入病株殘屑，註意清除苗床附近雜草。第三、苗床的營養土消毒，鏟除苗床土中的殘留病毒。苗床播種前用1000倍“天達2116”（抗旱壯苗型）+1500倍“天達裕豐”藥液、或1000倍“天達2116”（抗旱壯苗型）+1000倍50%消菌靈藥液細致噴灑苗床，殺滅床土中的病毒既其他病菌，防止幼苗感病。第四、培育無病壯苗。煙苗出土後拉十字時，用1000倍“天達2116”（抗旱壯苗型）+1500倍天達裕豐藥液噴灑幼苗，促進煙苗根系發達，移栽後緩苗快、抗病力強。第五、加強苗床管理，嚴格無毒操作規程。及時間苗、定苗，合理施肥澆水、有效地控溫控濕。操作時要用肥皂水洗手，嚴禁吸煙，盡力減少操作工具、手、衣服與煙株接觸。
4、適當提早播種
提早移栽。移栽時要剔除病苗。註意煙田不與茄科和十字花科作物間作或輪作，重病地至少要二年內不栽種煙草。
5、加強田期管理
提高煙草的自然抗病能力。煙田要在冬前進行深翻曬土，翌年翻漿時反復細致耙地，熟化耕作層，減少侵染毒源。
6、結合整地增施有機肥料
磷鉀肥、微肥和生物菌肥；煙苗定植後，立即噴灑1000倍“天達2116”（抗旱壯苗型）+1500倍天達裕豐藥液、或1000倍“天達2116”（抗旱壯苗型）+1000倍50%消菌靈藥液，註意及時追肥、培土、澆水，促使煙株根系發達、生長健壯，提高抗病能力，使煙株盡快通過團棵、旺長這兩個最易感病的階段。田間操作時，事先要用肥皂水洗手，工具要消毒，並禁止吸煙。打頂抹杈要在雨露幹後進行，並註意病株打頂、抹杈要最後進行。
7、註意驅避蚜蟲
防其傳毒。育苗床和煙田，鋪設銀灰色地膜、或張掛銀灰色反光膜條，可有效地驅避蚜蟲向煙田內遷飛。
三、藥劑防治
①藥劑治蚜。栽煙前應把附近茄科作物及雜草上的蚜蟲噴藥殺滅，避免有翅蚜遷飛傳毒。栽煙後40天內要采用黃皿器誘蚜預測，在皿中發現有翅蚜時，田間可立即噴藥防治。另外，栽煙時配合使用吡蟲啉緩釋顆粒劑，可有效地控制煙田蚜蟲數量，防止田間病毒病蔓延。
②中草藥防治效果更佳，能起到保護葉片、提高葉片質量的作用。
方案壹：用奧力克煙草病毒病專用40g，兌水15公斤，連用2天，7天1療程，連用2—3個療程，病情得到控制後，改用預防方案。
方案二：奧力克煙草病毒病專用40g+翠傑20g，兌水15公斤，連用2天，7天1療程，連用2—3個療程，病情得到控制後，改用預防方案。
備註：為增強其滲透能力，可添加適量有機矽或純牛奶等。