根據上述職責，省知識產權局設6個內設機構：
（壹）辦公（人事）室（與監察室、紀檢組、機關黨委辦公室合署）。
負責文電、會務、機要、檔案等機關日常工作；承擔信息、安全、保密、信訪、政務公開、機關財務、內部審計和國有資產管理等工作；負責機關和指導直屬單位的人事管理、機構編制、勞動工資、監察、紀檢、黨群和離退休人員服務等工作。
（二）政策法規處。
起草有關地方性法規、規章草案和政策措施；審核重要文稿；承擔、指導有關行政應訴、行政復議等工作；負責指導依法行政和普法工作；指導專利中介機構；對專利代理機構的設立進行初審。
（三）規劃發展處。
承擔推進知識產權高層次戰略合作的相關工作；承擔牽頭擬訂並協調實施知識產權發展規劃和年度計劃的工作；擬訂專利工作發展規劃並組織實施；會同有關部門管理省級知識產權專項資金；承擔專利優惠、獎勵政策及措施的組織落實工作；推動建立知識產權統計、考核制度的相關工作；指導市縣知識產權信息化建設工作。
（四）協調與合作處。
承擔組織協調全省保護知識產權的有關工作，推動知識產權創造、運用、保護和管理體系建設；承擔統籌、協調、指導知識產權戰略實施的相關工作；指導、協調市縣知識產權工作；牽頭開展知識產權的對外聯絡、合作與交流活動；統籌協調涉外知識產權事宜，參與知識產權的涉外談判。
（五）產業促進處。
承擔牽頭建立重大經濟活動知識產權特別審查制度並推動相關工作的開展，審查、監管專利方面的工作；指導、協調企事業單位的專利工作；承擔組織建立知識產權預警機制的相關工作；承擔牽頭協調知識產權交易市場的規範與管理工作；會同有關部門指導和規範知識產權無形資產評估等工作。
（六）執法與監督處。
承擔牽頭建立知識產權執法協作機制的有關工作；組織開展專利行政執法及市場監督管理工作，依法處理和調解專利糾紛、查處專利違法行為；組織建立知識產權維權援助及涉外應對機制。