（壹）辦公室
負責文電、會務、機要、檔案等機關日常運轉工作；承擔信息、安全、保密和信訪工作；承擔政策研究、政務公開以及局機關財務、行政事務等管理工作；組織開展知識產權宣傳工作。
（二）條法司
協調提出有關知識產權國際條約擬訂、修改及有關知識產權對外談判的方案；擬訂有關專利的知識產權法律法規草案；提出修訂專利法、集成電路布圖設計保護條例和專利代理條例及相關法規、規章的建議和草案。組織擬訂專利等確權及侵權談判標準；擬訂專利代理中介服務體系發展的政策。
（三）保護協調司
承擔組織協調全國保護知識產權的有關工作；承擔知識產權執法協作機制的相關工作，承辦行政執法有關工作；承擔實施國家知識產權戰略綱要的有關工作。
（四）國際合作司（港澳臺辦公室）
擬訂知識產權涉外工作的政策；研究國外知識產權發展動態；承辦統籌協調涉外知識產權的事宜；承辦專利工作的國際聯絡、合作與交流活動；承辦涉及港澳臺的專利及有關的知識產權事項。
（五）專利管理司
擬訂和實施專利管理工作的政策和措施；擬訂規範專利技術交易的政策；指導和規範知識產權無形資產評估工作；指導地方處理和調解專利糾紛、查處假冒他人專利行為和冒充專利行為。
（六）規劃發展司
組織擬訂全國專利工作發展規劃和局年度工作計劃及基本建設計劃；擬訂局年度財務計劃，編報預決算，監督預算執行；制定計劃、財務和資產管理的規章制度並監督執行；負責全國專利信息公***服務體系建設工作，審核全國專利信息公***服務體系建設規劃和年度計劃，對局重大項目組織論證和審核，監督計劃執行；承擔局國有資產管理、政府采購工作的政策、制度制訂及監督等管理工作；指導和監督直屬單位的財務管理工作；承擔全國專利統計工作，負責專利統計信息的統壹管理、編報和發布工作；完成局交辦的其他工作。
（七）人事司
承辦機關和直屬單位的幹部隊伍建設及有關人事管理、機構編制事項；擬訂有關知識產權的教育與培訓工作規劃；承擔機關離退休幹部工作。
機關黨委 負責機關和在京直屬單位的黨群工作。